Reducción del tamaño del gobierno
Jefferson consideraba que el gobierno debía ser lo más pequeño posible, limitándose a funciones que los estados y los individuos no podían ejercer por sí mismos.
Durante su mandato recortó el presupuesto federal en un 30 %, disminuyó el número de empleados federales en un 30 % y redujo los impuestos.
Supresión del impuesto al whisky
El impuesto de consumo al whisky gravaba toda la producción nacional y resultaba impopular, sobre todo entre los agricultores que se ganaban la vida destilando.
Jefferson lo consideró injusto y superfluo, por lo que lo derogó.
Disminución de la deuda pública
Tras la Revolución, EE. UU. acumuló una gran deuda. Jefferson la redujo vendiendo tierras públicas y recortando el gasto gubernamental.
Reorganización del ejército
Reformó las fuerzas armadas para que fueran más pequeñas y eficientes, creó el Departamento de la Marina y fundó la Academia Militar de los Estados Unidos en West Point.
Creación del sistema judicial federal
Firmó la Ley Judicial de 1801, que estableció el sistema de tribunales federales encargados de interpretar la Constitución y las leyes nacionales.