1. St. Louis, Missouri
Punto de partida de la expedición. Desde aquí, los oficiales construyeron el campamento de invierno Fort Bellefontaine a orillas del río Mississippi.
2. Campamento Dubois, Illinois
Ubicado cerca de la actual Alton, Illinois, fue la primera parada tras abandonar St. Louis. Allí se reunieron con tribus locales y reclutaron miembros para la misión.
3. Fort Kaskaskia, Illinois
Situado en el Mississippi, sirvió para obtener suministros e información antes de adentrarse en el interior.
4. Vincennes, Indiana
En el río Wabash, los exploradores se encontraron con William Henry Harrison, gobernador del Territorio de Indiana.
5. Louisville, Kentucky
A orillas del Ohio, construyeron la embarcación “Kentucky” que usarían en la parte fluvial de su viaje.
6. Clarksville, Indiana
Fort Clarksville se erigió para proteger los equipos durante el invierno de 1803‑1804.
7. Fort Massac, Illinois
En el Ohio, se abastecieron de provisiones enviadas previamente.
8. Chickasaw Bluffs, Tennessee
En el Mississippi, negociaron un tratado de amistad con la tribu Chickasaw.
9. Natchez, Mississippi
Se reunieron con el gobernador español del Territorio de Mississippi.
10. Nueva Orleans, Luisiana
El 25 de julio de 1806, la expedición regresó a Nueva Orleans tras cruzar el continente.
Nota: ciudades como Cincinnati, Pittsburgh, Filadelfia, Washington, Harpers Ferry y Cumberland, aunque importantes en la historia de EE. UU., no formaron parte de la ruta de Lewis y Clark.