Atahualpa, hijo del Inca Huayna Cápac, nació en Cuzco aunque su linaje era quiteño. Por eso gozaba de la simpatía, afinidad e inclinación de las etnias cayambes, carangues, pastos y las mitmas. , Incas residentes en Quito y Carangue. A la muerte de su padre no acompañó el cortejo fúnebre que se dirigía al Cuzco llevando la momia del emperador, hecho que no gustó a su hermano Huáscar. Tampoco estuvo presente en el acto de vasallaje que los señores subyugados y los miembros de la élite incaica lo hicieron cuando el Inca fue entronizado. En cambio, envió embajadores con regalos. Esta actitud fue tomada como un acto de rebelión porque sólo el Inca podía iniciar relaciones recíprocas mediante la distribución de regalos. Como era de esperarse, Huáscar ordenó matar a los emisarios y liberó a algunos de ellos, tras mutilarlos. Entonces estalló la guerra y cada uno preparó su ejército; En aquellos días los Cañaris se levantaron contra Atahualpa , decidiendo por la causa del Huáscar.
Hubo una primera batalla en las cercanías de Tumipampa y Atahualpa fue hecho prisionero, pero escapó gracias a la ayuda de una misteriosa mujer llamada Quella. quien, aprovechando la ebriedad de sus guardias, entró en la cárcel y le entregó a Atahualpa una palanca, con la que pudo hacer un agujero por el que escapó. Este hecho fue mitificado a favor de que Atahualpa dijera que había escapado con ayuda divina al convertirse en serpiente (amaru), lo que aumentó su prestigio ante las panacas cusqueñas. Los enfrentamientos se reanudaron, las tropas cusqueñas ya habían llegado al norte, se enfrentaron en Riobamba y Ambato con el triunfo de los atahualpistas. Atoe, general hermano de Huáscar, y Ulco Colla fueron capturados en el campo de batalla y cruelmente asesinados. Atahualpa hizo convertir el cráneo de Atoe en una vasija chapada en oro y en tambores con su piel. Luego de esta primera campaña incursionó en territorio cane, destruyendo pueblos y aplicando crueles castigos. Para ridiculizar a esa etnia eligió Tumipampa por capital, allí mismo tomó la borla real y se proclamó Inca. Mientras tanto en el sur, Huáscar organizó un segundo ejército con gente que venía de Collao, Canchis, Canas, Charcas, y el mando quedó encomendado a su hermano Huanca Auqui. , quien fue a Tumipampa.
Atahualpa también inició su marcha hacia el Cuzco, avanzó hasta Huamachuco donde destruyó el templo del dios Catequil y liquidó al sacerdote porque había vaticinado que perdería. Desde Huamachuco envió un ejército a derrotar a los Chachapoyas y fue entonces cuando recibió veloces postes de Tallan, quienes le informaron que del mar habían venido hombres extraños. Cautelosamente decidió no avanzar hacia el Cuzco, delegando el mando de parte de su ejército en Quizquiz y Chalcuchimac. y les ordenó continuar la marcha hacia la ciudad imperial. Las fuerzas de Atahualpa ganaron sucesivamente Cochagailla, Pumpu y Jauja . Desesperado por las continuas derrotas, organizó un tercer ejército de 30 mil hombres procedentes del Contisuyo, bajo cuyo mando decidió ir él mismo. La batalla decisiva se desarrolló en los alrededores de Huánuco Pampa, finalmente el ejército cusqueño fue asesinado y Huáscar capturado. Atahualpa, que en ese momento se encontraba en Huamachuco esperando noticias, celebró la victoria pero no fue al Cuzco a entronizarse oficialmente, sino que ordenó que trajeran a Huáscar a Cajamarca donde esperaría a los extranjeros que acababan de llegar a sus dominios.
El 15 de noviembre de 1532 se encontraba en los baños termales de Pultamarca, mientras sus tropas invictas seguían esperando hasta tomar y someter al Cuzco. Allí en Pultamarca recibió a la comitiva encabezada por Hernando de Soto a quien trató con frialdad; en cambio le dio trato preferencial a Hernando Pizarro al enterarse que era hermano del jefe de los visitantes. Éste, al despedirse de él, cargó con su caballo hacia la corte de Atahualpa, cuyos miembros retrocedieron temerosos. Atahualpa no se inmutó y, una vez que los españoles se retiraron, ordenó degollar a todos los que habían mostrado miedo, diciendo que no quería vasallos cobardes. El 16 de noviembre su procesión ingresó a Cajamarca, donde recibió al dominico Fray Vicente Valverde, acompañado de un intérprete. El propósito de Valverde era capturar pacíficamente al Inca, para lo cual le habló de Dios, del Papa y del Rey a quien debía someterse. Le entregó una biblia y Atahualpa la arrojó a la multitud. Ante esto, Valverde regresó gritando, se dio la señal y sonó un tiro de arcabuz. Los soldados salieron de los salones que rodeaban la plaza y atacaron a la multitud indígena que luchaba desesperadamente por salir, pisoteándose unos a otros hasta el punto de derribar un muro bajo presión.
Atahualpa fue hecho prisionero por el propio Francisco Pizarro , y prometió llenar una habitación con oro y plata a cambio de su vida y libertad, ordenando que tal tesoro fuera traído desde las regiones más remotas del imperio. Para acelerar el envío, Pizarro envió dos expediciones:una a Pachacamac, cerca de donde más tarde se fundaría la ciudad de Lima, y otra al Cuzco. Este último grupo tropezó en el camino con la triste comitiva que encabezaba el prisionero derrocado Inca Huáscar, quien logró hablar con los españoles y les ofreció mayor cantidad de oro y plata. Atahualpa, temeroso de que hubiera un entendimiento entre los españoles y su hermano, lo hizo matar en secreto desde su prisión de oro.
Con la llegada de un nuevo contingente español al mando de Almagro , hubo presiones de todo tipo para asesinar al príncipe, alegando que estaban reuniendo legiones de indígenas que vendrían al rescate de Atahualpa. Sólo Hernando de Soto y Hernando Pizarro lo defendieron y fueron de la idea de que fuera enviado a España. Por eso hubo que eliminarlos. El primero fue enviado en misión de reconocimiento y el segundo a España llevando al quinto real. Se hizo un juicio simulado y entre los cargos formulados contra Atahualpa estaba el asesinato de su hermano, conspirar contra los españoles. Fue condenado a la hoguera y como en los incas este castigo se aplicaba sólo a los ladrones, aceptó ser bautizado, cambiando la pena por la de garrote. Atado a una silla, con una porra al cuello, un testigo español lo vio llorar y confiar a sus hijos a Pizarro. Fray Vicente Valverde le advirtió que se olvidara de sus hijos y se convirtiera al cristianismo. En respuesta volvió a llorar mientras con sus manos indicaba el tamaño de sus hijos. Así terminó Atahualpa el 26 de julio de 1533. A la mañana siguiente, con gran solemnidad, fue sepultado en la iglesia católica que habían construido en Cajamarca. Días después, su cuerpo fue retirado misteriosamente y trasladado al norte, donde había pasado la mayor parte de su vida.
