Diputado en 1791, Pérignon reanudó su carrera militar para impedir la invasión de los aliados, obtuvo grandes victorias en la Pirineos (Montagne-Noire en 1794) y reemplazó a Dugommier. Elegido miembro del Consejo de los Quinientos, Napoleón lo colmó de honores, quien lo nombró senador, mariscal y co