Sin embargo, la ACLU jugó un papel fundamental al desafiar muchas de las infracciones a las libertades civiles que ocurrieron durante la era del Terror Rojo. El Terror Rojo, caracterizado por un mayor temor a la influencia comunista y la paranoia sobre posibles espías soviéticos dentro de Estados Unidos, condujo a una importante represión de la libertad de expresión, asociación y otros derechos fundamentales.
En respuesta a estas intrusiones en los derechos constitucionales, la ACLU defendió enérgicamente a personas objeto de investigaciones gubernamentales, juntas de lealtad e investigaciones del Congreso sobre supuestas afiliaciones comunistas. La organización cuestionó la falta de debido proceso en muchos procedimientos, abogó por el reconocimiento del derecho a un abogado de la Sexta Enmienda y se opuso a las pruebas de lealtad que exigían que los empleados públicos renunciaran a cualquier asociación con actividades comunistas sospechosas.
La defensa de la ACLU y otros grupos de derechos civiles fue crucial para finalmente poner fin a los excesos más atroces del Temor Rojo y contribuyó a formar una comprensión más profunda del valor de la protección de las libertades civiles en medio de las crisis sociales.
