En 1949, más de 8 lakh de refugiados entraron en Bengala Occidental, Assam y Tripura desde Pakistán Oriental. Las autoridades paquistaníes estaban obligando a estos refugiados a ingresar a territorios indios. Se trataba de ciudadanos hindúes asesinados por la violencia y la persecución. Nehru invitó al Primer Ministro de Pakistán, Liaquat Ali Khan, a encontrar una solución pacífica a este problema. Insatisfecho con los modales de Nehru, Patel conoció a Liaquat Ali Khan y le envió un mensaje en tono severo pidiéndole que desistiera de tales payasadas.
Sobre esto, Nehru propuso a Liaquat Ali Khan que tanto India como Pakistán establecieran comisiones minoritarias. Patel criticó duramente esta propuesta de Nehru. Shyama Prasad Mukherjee y K. C. Negi, enojados con las políticas de apaciguamiento de Nehru, dimitieron del gabinete.
