Los medios acusaron a Patel de que su Ministerio del Interior no podía proteger a Gandhi. Entristecido por esto, Patel renunció al gobierno. Ante esto, Nehru rechazó la renuncia de Patel diciendo que Nehru y Patel habían estado trabajando juntos en el Congreso durante treinta años por una causa común y que no sería bueno para ambos luchar después de la muerte de Gandhi. La dimisión de Patel se evitó, pero incluso después de eso, persistieron diferencias entre Nehru y Patel sobre cuestiones políticas. Acentuadas diferencias entre Patel y Nehru sobre las tres políticas adoptadas por Nehru (llevar la cuestión de Cachemira a las Naciones Unidas en 1948, no dar ayuda al Tíbet contra China en 1950 y no emprender acciones militares para expulsar a los portugueses de Goa), Patel permaneció hasta su muerte. Cuando Nehru intentó dejar de lado a Patel y a los funcionarios del Ministerio del Interior en la cuestión de Cachemira, Patel reaccionó con fuerza.
En 1950, Nehru presionó al Dr. Rajendra Prasad para que retirara su nominación presidencial a favor de Rajagopalachari. Esta acción de Nehru enfureció profundamente a los líderes del Congreso. Los congresistas sintieron que Nehru intentaba imponer su voluntad al Congreso. Nehru le pidió a Patel que lo ayudara a conseguir que Rajagopalachari fuera presidente. Sobre esto, Patel se negó a trabajar en contra de los deseos del partido y el Dr. Rajendra Prasad fue nombrado el primer presidente de la India. En 1950, Nehru se postuló para el cargo de presidente del Congreso Purushottam Das Tandon. La imagen de Tandon era la de un líder hindú, por lo que Nehru se opuso a él y apeló a nombrar a Jeevram Kriplani presidente del Congreso, diciendo que si esto no sucede, Nehru dimitirá. Patel se opuso al enfoque de Nehru y anunció su apoyo a Tandon en Gujarat. Kripalani era residente de Gujarat pero no obtuvo ni un solo voto de Gujarat. Patel creía que el deseo de Nehru no era la ley para el Congreso, pero cuando ganó Tandon, Nehru comprendió que había perdido toda la confianza del Congreso. Ante esto, Nehru renunció a su cargo. Entonces Patel se negó a dimitir de Nehru.
