Bajo el Imperio, su amistad con Moreau le valió la sospecha del Emperador, quien le dio un mando importante que desde En 1805, presente en numerosas batallas, era un buen jinete, herido en Friedland y en Moskva. Se enoja porque el Emperador prefiere comandar infantería en lugar de caballería. Sin embargo, liderará la caballería durante la campaña francesa, y su reputación caerá en desgracia por sus errores de juicio en Waterloo.
Fue primer ayudante de campo de Dumouriez. Luego pasa sus servicios a Moreau, pero al defenderse durante las acusaciones realistas que se lanzan contra Moreau, Macdonald cae en desgracia. Permanecerá en la portada en Rusia durante su doloroso retiro. Destaca igualmente en Wagram y Leipzig, de donde
