Durante el Imperio, la amistad de Emmanuel con Moreau despertó la sospecha del emperador, quien sin embargo le asignó un mando importante a partir de 1805. Participó en numerosas batallas, destacándose como excelente jinete y resultó herido en Friedland y en la campaña del río Moscova.
Enojado con el emperador por preferir que comandara infantería en lugar de caballería, Emmanuel aceptó, sin embargo, el mando de la caballería durante la campaña francesa. Su reputación quedó empañada tras los errores de juicio cometidos en la batalla de Waterloo.
