A raíz de la masacre, Oñate fue acusado de crímenes contra el pueblo Acoma. Fue declarado culpable y sentenciado al exilio de Nuevo México. Sin embargo, posteriormente fue indultado por el rey Felipe III de España. Oñate murió en México en 1624.
La masacre de Acoma fue una tragedia que provocó la muerte de cientos de personas inocentes. Fue un capítulo oscuro en la historia de la colonización española de América.