Muchas tribus nativas americanas se vieron obligadas a firmar tratados que cedían grandes extensiones de sus tierras al gobierno de los Estados Unidos. Estos tratados eran a menudo injustos y los nativos americanos a menudo no recibían una compensación adecuada por sus tierras. Además, muchos nativos americanos se vieron obligados a trasladarse a nuevas reservas, que a menudo estaban ubicadas en zonas remotas e indeseables.
La guerra y la posterior pérdida de tierras y recursos tuvieron un impacto devastador en las comunidades nativas americanas. Muchos nativos americanos murieron a causa de enfermedades, hambre y violencia. La guerra también trastornó los modos de vida tradicionales y muchas culturas nativas americanas quedaron casi destruidas.
En los años posteriores a la Guerra Civil, el gobierno de Estados Unidos continuó tratando con dureza a los nativos americanos. El gobierno estableció una política de asimilación cuyo objetivo era obligar a los nativos americanos a abandonar sus culturas tradicionales y adoptar las costumbres de los estadounidenses blancos. Esta política se implementó a menudo mediante el uso de la fuerza y la coerción, y causó más daños a las comunidades nativas americanas.
La Guerra Civil y sus secuelas fueron una época de gran sufrimiento para los nativos americanos. La pérdida de tierras, los traslados forzosos, la alteración de las culturas tradicionales y el duro trato por parte del gobierno de los Estados Unidos contribuyeron al declive de las poblaciones y culturas nativas americanas.