El padre de Juan, Pedro, era un rico plantador que poseía esclavos. John creció en una sociedad esclavista e inicialmente aceptó la institución de la esclavitud como algo normal. Sin embargo, a medida que crecía, empezó a cuestionar la moralidad de la esclavitud. Le preocupaba el hecho de que los esclavos fueran tratados como propiedad, más que como seres humanos, y era consciente de la brutalidad y violencia que a menudo se infligía a los esclavos.
A principios de la década de 1770, John comenzó a hablar contra la esclavitud. Escribió una serie de ensayos en los que sostenía que la esclavitud era moralmente incorrecta y que debería ser abolida. En su ensayo más famoso, "La esclavitud africana en América", escribió:
>"Los esclavos en América no sólo son privados de su libertad, sino que también son tratados con la más espantosa crueldad y barbarie... Son golpeados, azotados y torturados, sin la menor provocación, y por las ofensas más insignificantes. A veces incluso son ejecutados de la manera más cruel e inhumana".
John también argumentó que la esclavitud era perjudicial para la economía. Creía que la esclavitud impedía el desarrollo de una sociedad libre y próspera y que conducía a desigualdad social y conflictos. Él escribió:
> "La esclavitud no es sólo un mal en sí misma, sino que también es una fuente de grandes gastos e inconvenientes para el país. Impide el crecimiento de la población y el mejoramiento del suelo. Desalienta la industria y produce ociosidad y lujo. "
Las opiniones de Juan sobre la esclavitud eran radicales para su época. Fue uno de los primeros blancos en Estados Unidos en hablar contra la esclavitud y enfrentó una oposición considerable por parte de los propietarios de esclavos y otros partidarios de la esclavitud. Sin embargo, nunca dudó en su creencia de que la esclavitud estaba mal y continuó luchando por su abolición hasta su muerte.
En 1777, John ayudó a fundar la Sociedad de Abolición de Pensilvania, una de las primeras organizaciones en los Estados Unidos dedicada a la abolición de la esclavitud. También se desempeñó como presidente de la Sociedad de 1787 a 1791. El trabajo de John a favor de la abolición ayudó a inspirar el movimiento abolicionista en los Estados Unidos y, en última instancia, condujo a la abolición de la esclavitud en 1865.
