San Carlos Borromeo es propenso a sufrir desastres naturales debido a su ubicación en el cinturón de tifones del Pacífico y su proximidad a las montañas Zambales. Los tifones, las fuertes lluvias y los terremotos son los peligros naturales más comunes en el municipio.
En los últimos años, San Carlos Borromeo ha sido azotado por varios tifones importantes. El tifón Pepeng (nombre internacional:Parma) tocó tierra en la isla de Luzón el 3 de octubre de 2009. El tifón causó inundaciones y daños generalizados en San Carlos Borromeo. El tifón Glenda (nombre internacional:Rammasun) tocó tierra el 14 de julio de 2014 y también causó importantes daños al municipio.
El 11 de agosto de 2022, San Carlos Borromeo fue golpeado por un terremoto de magnitud 7,1 con epicentro cerca de Tayum, Abra. El terremoto provocó deslizamientos de tierra y causó daños a edificios, viviendas e infraestructuras. Muchas personas resultaron heridas o muertas.
El municipio también es vulnerable a deslizamientos de tierra debido a su terreno montañoso. Las fuertes lluvias pueden provocar inundaciones y deslizamientos de tierra, que pueden causar daños a la infraestructura y la propiedad. Los terremotos también suponen un riesgo, ya que la provincia está situada cerca de la zona de falla de Filipinas.
El Instituto Filipino de Vulcanología y Sismología (PHIVOLCS) monitorea la actividad sísmica en el área. La agencia publica avisos y advertencias a los residentes en caso de desastres naturales inminentes.
Para mitigar los efectos de los desastres naturales, San Carlos Borromeo ha implementado varias medidas, como la construcción de centros de evacuación, capacitación de los residentes locales en preparación para desastres y realización de simulacros. El gobierno local también trabaja con agencias nacionales y organizaciones no gubernamentales para brindar asistencia y apoyo a las comunidades afectadas.
