En noviembre de 1928 fue destinado como profesor de la Real y Pontificia Universidad de Comillas, donde impartió cursos de derecho canónico, derecho constitucional y derecho internacional.
Fue editor y colaborador de la revista Razón y Fe, donde escribió artículos sobre temas políticos y sociales, y contribuyó con la creación del Instituto de Derecho Canónico y Civil.
P. José Cavaller es reconocido por sus estudios sobre los derechos naturales, el orden social y el derecho a la propiedad privada, pero, sobre todo, se le conoce como el fundador de la Secretaría de Acción Social, organismo nacido en junio de 1931 como respuesta a las nuevas tendencias políticas. Circunstancias posteriores a la proclamación de la II República. Sin embargo, la labor social llevada a cabo por la Secretaría de Acción Social llegó a su fin con la Guerra Civil.
Después de la guerra, los jesuitas se hicieron cargo de la Secretaría de Acción Social y crearon una nueva institución, la Escuela de Justicia Social.
El padre José Cavaller también participó en la fundación del Instituto Español de Ciencias Sociales, donde colaboró hasta 1956.
Durante los años siguientes se dedicó a la formación y formación de las generaciones más jóvenes a través de retiros y conferencias espirituales, y publicó sus estudios teológicos y canónicos.
Murió en Sant Cugat del Vallès, Barcelona el 5 de diciembre de 1969.
