No hubo una separación de la Iglesia y el Estado en la Colonia de la Bahía de Massachusetts. La colonia fue fundada como una teocracia puritana, lo que significaba que el gobierno se basaba en los principios de la religión y sólo los miembros de la iglesia puritana podían ocupar cargos públicos. Sin embargo, hubo cierta tolerancia hacia otras creencias religiosas y se permitió la existencia de otras denominaciones protestantes en la colonia.