El padre de Hatshepsut fue Tutmosis I, un faraón que gobernó aproximadamente desde 1525 hasta 1512 a.C. Tutmosis tuve dos esposas:Ahmose y Mutnofret. Hatshepsut fue la segunda hija y la única hija de Tutmosis I y Ahmose.
Tutmosis I también tuvo un hijo llamado Tutmosis II con su segunda esposa, Mutnofret. Tutmosis II sucedió a su padre como faraón y gobernó durante unos 13 años. Se casó con la media hermana de Hatshepsut, Amenhotep II, que era la madre de Tutmosis III, quien finalmente se convirtió en corregente y eventual sucesor de Hatshepsut.
Hatshepsut también tenía varios hermanos de sus padres, entre ellos:
- Wadjmose, el hijo mayor de Tutmosis I y Ahmose
- Amenhotep I, que murió joven y nunca llegó a ser faraón
- Ahmose-Meritamun, que se convirtió en una gran esposa real
- Sitamón, que también se convirtió en Gran Esposa Real.
- Ineni, sumo sacerdote de Amón y figura influyente en la corte de Hatshepsut.
El árbol genealógico de Hatshepsut es importante para comprender su ascenso al poder y sus maniobras políticas durante su reinado. Sus conexiones con varios miembros de la familia real le permitieron conseguir apoyo y legitimar su posición como faraón en una sociedad dominada por los hombres.