La Ley de Embargo tuvo varias consecuencias negativas. Causó que los precios de los productos agrícolas estadounidenses cayeran en picado, lo que provocó dificultades económicas generalizadas en el sur y el oeste agrarios. También interrumpió el comercio con los nativos americanos, que dependían de los productos estadounidenses para su sustento. La ley también enfureció a muchos comerciantes y armadores federalistas, que la vieron como un ataque a sus medios de vida.
La Ley de Embargo fue finalmente derogada en 1809, pero el daño ya estaba hecho. La ley había dañado gravemente la economía estadounidense y había alejado aún más a los federalistas del gobierno federal dominado por los republicanos. La ley también contribuyó a las crecientes tensiones entre Estados Unidos y Gran Bretaña, que eventualmente conducirían a la Guerra de 1812.
