Los soldados de caballería de la Unión rodearon el granero y le prendieron fuego. Booth se negó a rendirse y el soldado de caballería de la Unión Boston Corbett lo mató a tiros. Corbett disparó a través de una grieta en la pared del granero y alcanzó a Booth en el cuello. Booth murió instantáneamente.
El cuerpo de Booth fue llevado a Washington, D.C., donde fue enterrado en secreto en la prisión Old Capitol. En 1867, sus restos fueron trasladados a un cementerio en Baltimore, Maryland.
A lo largo de su fuga y persecución, Booth recibió ayuda de simpatizantes confederados. Sin embargo, finalmente fue traicionado por uno de sus antiguos cómplices, quien proporcionó información a las autoridades de la Unión que condujeron a su muerte.