- Condiciones climáticas adversas: Champlain encontró duras condiciones climáticas durante sus exploraciones. Los inviernos eran extremadamente fríos, con nieve profunda y ríos helados. Los veranos eran calurosos y húmedos, con frecuentes tormentas.
- Enfermedades: Champlain y su tripulación padecían a menudo diversas enfermedades, como disentería, escorbuto y malaria. Muchos de los miembros de su tripulación murieron a causa de estas enfermedades, incluida la esposa de Champlain, Hélène.
- Conflictos de nativos americanos: Champlain tuvo que enfrentarse a varias tribus nativas americanas durante su estancia en América del Norte. A menudo estuvo involucrado en conflictos con los iroqueses, a quienes les molestaba la presencia francesa en la región.
- Falta de Suministros: Champlain y su tripulación a menudo se enfrentaban a escasez de alimentos y otros suministros. Tenían que depender de la caza y la pesca para sobrevivir y, en ocasiones, tenían que prescindir de artículos esenciales.
- Aislamiento: Champlain y su tripulación estuvieron a menudo aislados de otros asentamientos europeos. Esto les dificultaba recibir ayuda o suministros y eran vulnerables a los ataques de tribus nativas americanas hostiles.
- Dificultades financieras: Champlain enfrentó dificultades financieras a lo largo de su vida. A menudo estaba endeudado y luchaba por conseguir dinero para sus expediciones.
- Intriga política: Champlain estuvo involucrado en intrigas políticas tanto en Francia como en Canadá. Tuvo que navegar por el complejo panorama político y, en ocasiones, fue víctima de maniobras políticas de sus rivales.
