La decisión de Babangida de anular las elecciones provocó un descontento generalizado y dio lugar a una serie de protestas y manifestaciones, que fueron reprimidas con la fuerza por los militares. El país se vio sumido en el caos, con acusaciones de abusos contra los derechos humanos, incluidas ejecuciones extrajudiciales y detenciones arbitrarias. Durante ese período, hubo mucha inestabilidad política y luchas de poder dentro del ejército y el gobierno civil interino.
La anulación de las elecciones y sus consecuencias erosionaron aún más la confianza pública en el compromiso de los militares con la democracia. Fueron necesarios varios años más de negociaciones, reformas políticas y presión internacional antes de que Nigeria realizara una transición exitosa hacia un gobierno civil con la elección de Olusegun Obasanjo en 1999, lo que marcó el comienzo de la Cuarta República de Nigeria.