Tras la proclamación del gobierno Meiji y la aceleración de sus políticas de modernización, los privilegios de la antigua clase samurái fueron eliminados progresivamente.
Algunos samuráis que habían integrado el nuevo ejército durante la Guerra Boshin se mostraron descontentos porque sus reivindicaciones no se reflejaron en las medidas del nuevo régimen.
Rebelión de Saga y el descontento samurái
1873: Saigō Takamori, Itagaki Taisuke, Eto Shinpei y Gotō Shōjirō, líderes de la facción Seikanron, abandonan la política tras el fracaso de la polémica sobre Corea.
Tras la marcha de Saigō, el contralmirante Kirino Toshiaki y otros oficiales del ejército y la marina regresan a Kagoshima, intensificando la oposición al gobierno en varios puntos.
El primer conflicto armado es la Rebelión de Saga. Eto Shinpei, al regresar a Saga, lidera al Partido Seikanron y, junto a Yoshitake Shima, convoca a unos 12 000 guerreros descontentos que ocupan la oficina prefectural. El ejército del nuevo gobierno, bajo el mando del ministro del Interior Ōkubo Toshimichi, sofoca la insurrección.
Tras la represión, el gobierno prosigue la supresión de los privilegios samurái: se elimina el sistema feudal y se entregan bonos públicos equivalentes a varios años de ingresos. Mientras la aristocracia kazoku recibe alrededor de 64 000 yenes, los samuráis apenas obtienen 5 000 yenes, lo que genera gran penuria.
Además, se emite el decreto de abolición de la espada. Las armas quedan prohibidas para la población civil, afectando profundamente la identidad samurái. En octubre de 1876 estalla la rebelión del Partido Keishin en Kumamoto, seguida de revueltas en Akizuki (Fukuoka) y Hagi (Yamaguchi), todas rápidamente aplastadas por las fuerzas gubernamentales equipadas con armamento moderno.
Rebelión de Satsuma
1877: La mayor insurrección samurái ocurre cuando el antiguo daimyo Saigō Takamori levanta un ejército en Satsuma. A diferencia de rebeliones anteriores, el ejército de Saigō cuenta con un cuerpo de artillería y una organización militar completa, pero se enfrenta al sistema de conscripción del gobierno Meiji, que posee un ejército modernizado.
El enfrentamiento más decisivo es la Batalla de Tabaruzaka. Durante 17 días, los soldados de Saigō defienden la posición con gran valor, pero son superados por las tropas de élite del gobierno. Según el periódico Tokyo Nichi Nichi Shimbun, en algunos momentos se dispararon hasta 350 000 balas al día; se hallaron numerosos “balas que se chocan en el aire”, evidencia de la ferocidad del combate.
La contienda se extendió por el sur de Kyushu, pero el ejército de Saigō sufrió derrotas sucesivas. Solo unos 300 combatientes resistieron en la colina de Shiroyama, Kagoshima, donde Saigō Takamori se quitó la vida tras el asalto final del gobierno.
Con la derrota de Saigō, la resistencia armada samurái quedó prácticamente extinguida. El asesinato de Ōkubo Toshimichi, ocurrido después de la rebelión, marcó el cierre definitivo de las revueltas samurái y consolidó la transición del Japón feudal al Estado moderno.