Aunque logró detener temporalmente los debates sobre la cuestión de la esclavitud en Estados Unidos, el Compromiso de Missouri plantó las semillas de la Guerra Civil. El Compromiso permitió la admisión de Missouri como estado esclavista y de Maine como estado libre.
- Estipuló además que la esclavitud estaría prohibida en el Territorio de Compra de Luisiana al norte del paralelo 36°30′, excepto en la parte que comprende el estado de Missouri.
- El Compromiso de Missouri fue significativo porque sentó el precedente de que el gobierno federal podía regular la expansión de la esclavitud en los territorios.
- Este principio sería cuestionado más tarde por las fuerzas pro-esclavitud, quienes argumentaron que el Congreso no tenía la autoridad para prohibir la esclavitud en los territorios.
- Los debates sobre la extensión de la esclavitud a los territorios se intensificaron en los años previos a la Guerra Civil. lo que finalmente condujo a la secesión de los estados del sur y al inicio de la Guerra Civil estadounidense en 1861.
