- Miedo a las rebeliones de esclavos: La incursión de Brown fue vista como una amenaza directa a la institución de la esclavitud en el Sur. Los sureños temían que las acciones de Brown inspiraran a los esclavos a rebelarse y derrocar a sus amos. Este temor se vio exacerbado por el hecho de que Brown había apuntado específicamente a Harpers Ferry, un arsenal federal que contenía una gran cantidad de armas.
- Violación de la soberanía estatal: La redada de Brown también fue vista como una violación de la soberanía estatal. Los sureños creían que el gobierno federal no tenía derecho a interferir con la esclavitud en el Sur y vieron el ataque de Brown como un intento de hacer precisamente eso. Este sentimiento fue particularmente fuerte en Virginia, donde se encontraba Harpers Ferry.
- Impacto económico: La incursión de Brown también tuvo un impacto económico significativo en el Sur. La destrucción del arsenal federal en Harpers Ferry perturbó el comercio y también provocó un aumento del gasto militar por parte de los estados del sur. Esto ejerció presión sobre la economía del Sur, que ya estaba luchando por competir con el Norte.
Además de estas razones específicas, los sureños también estaban en general enojados por el creciente movimiento abolicionista en el Norte. Sintieron que los abolicionistas estaban atacando injustamente su forma de vida y vieron la incursión de Brown como la culminación de esta tendencia.
Como resultado de la incursión de Brown, las tensiones entre el Norte y el Sur aumentaron dramáticamente. La incursión contribuyó a acercar al país a la Guerra Civil, que comenzó apenas dos años después.