La misión que hoy conocemos como El Álamo se fundó en 1718 bajo el nombre de Misión San Antonio de Valero, en honor al santo franciscano español San Francisco de la Espada. Durante sus primeros años funcionó como centro religioso y educativo para niños nativos.
En el siglo XVIII la estructura fue reforzada con fortificaciones militares y, con el tiempo, la población comenzó a llamarla simplemente El Álamo. En español, "álamo" significa cottonwood, árbol que abundaba en los alrededores de la misión. El nombre refleja, pues, la presencia de estos árboles en la zona.
Así, el famoso sitio pasó de ser una misión dedicada a la evangelización a un fuerte militar, conservando el nombre que hace referencia a la naturaleza que lo rodeaba.