Sin embargo, cuando las tensiones entre el Norte y el Sur aumentaron y Virginia votó a favor de la secesión, Lee se sintió obligado a ponerse del lado de su estado natal y defender su soberanía. Creía que la Unión estaba intentando imponer su voluntad al Sur y que la Confederación tenía un derecho legítimo a la autodeterminación. Si bien no poseía esclavos personalmente y no apoyaba la institución de la esclavitud tal como existía en el Sur, Lee veía la guerra como una cuestión de derechos de los estados y lealtad a Virginia.
A lo largo de la guerra, Lee expresó constantemente su deseo de paz y una rápida resolución del conflicto. Creía que ambas partes debían luchar por la reconciliación y que la guerra era una trágica necesidad impuesta al Sur por el Norte. También se opuso a los elementos radicales y extremistas de ambos lados que buscaban prolongar la guerra y aumentar su brutalidad.
En su correspondencia y escritos personales, Lee expresó a menudo su profundo dolor y pesar por la pérdida de vidas y la destrucción causada por la guerra. Estaba particularmente preocupado por el impacto del conflicto en civiles inocentes y la devastación que trajo al Sur. También lamentó la pérdida de muchos amigos y compañeros soldados de ambos lados del conflicto.
En general, los sentimientos de Lee sobre la guerra estaban llenos de un sentido del deber, el honor y la lealtad a su estado natal, así como una profunda tristeza por las trágicas consecuencias del conflicto.
