En la mañana del 26 de junio, Almagro y sus hombres atacaron el palacio de Pizarro en Lima. Pizarro fue tomado por sorpresa y no pudo montar una defensa eficaz. Fue herido de muerte en los combates y murió unas horas después.
La muerte de Pizarro marcó el fin de una era en la conquista española de América. Fue uno de los conquistadores más exitosos y despiadados, y su muerte abrió el camino a un período de guerra civil e inestabilidad en el Perú.