A medida que aumentaron las tensiones entre el Norte y el Sur a mediados del siglo XIX, el Congreso quedó cada vez más dividido sobre la cuestión de la esclavitud. Los representantes del Sur amenazaron con separarse de la Unión si el gobierno federal intentaba interferir con la esclavitud en sus estados. En un esfuerzo por evitar la secesión, el Congreso aprobó la Ley de Esclavos Fugitivos de 1850, que exigía que los estados del Norte ayudaran en la captura y devolución de los esclavos fugitivos.
A pesar de estos compromisos, las tensiones continuaron aumentando entre el Norte y el Sur. En 1860, Abraham Lincoln fue elegido presidente con una plataforma opuesta a la expansión de la esclavitud a nuevos territorios. Su elección provocó la secesión de 11 estados del sur y el estallido de la Guerra Civil estadounidense.
La Guerra Civil terminó en 1865 con la victoria de la Unión. Como resultado de la guerra, la esclavitud fue abolida en todo Estados Unidos mediante la Decimotercera Enmienda de la Constitución. El Congreso asumió un papel de liderazgo en este proceso al aprobar la Proclamación de Emancipación y la Decimotercera Enmienda, y al apoyar el esfuerzo bélico de la Unión.
