Cuando cerró la misión de San Carlos, las tierras de la misión se dividieron y se entregaron a residentes y funcionarios locales. Muchos de los nativos americanos que habían vivido en la misión se vieron obligados a buscar nuevos hogares, y a menudo se trasladaron a pueblos cercanos u otras misiones. Algunos de los edificios de la misión fueron abandonados y cayeron en ruinas, mientras que otros fueron reutilizados para diferentes usos, como escuelas o almacenes. El cierre de la misión de San Carlos representó un cambio significativo en la forma de vida de los nativos americanos de la zona y marcó el fin de una era de control misional.