Francisco Fernando nació en Graz, Estiria, en 1863, el hijo mayor del archiduque Carlos Luis de Austria y su esposa, la princesa María Anunciata de Borbón-Dos Sicilias. Recibió una educación militar y sirvió en el ejército austrohúngaro, llegando a ser inspector general de las fuerzas armadas.
En 1896, el primo de Francisco Fernando, el príncipe heredero Rodolfo, se suicidó, dejando a Francisco Fernando como heredero del trono austrohúngaro. Sin embargo, su matrimonio morganático con Sophie, la condesa Chotek, en 1900 provocó una importante controversia y escándalo debido al bajo estatus social de Sophie. El emperador Francisco José I aprobó el matrimonio a regañadientes, con la condición de que los hijos de la unión quedarían excluidos de la línea sucesoria.
Francisco Fernando y Sofía estaban de visita en Sarajevo, la capital provincial de Bosnia-Herzegovina (anexada por Austria-Hungría en 1908), en junio de 1914 cuando fueron asesinados por un nacionalista serbio, Gavrilo Princip. Princip era miembro de la Mano Negra, una sociedad secreta dedicada a la unificación de todos los pueblos eslavos del sur en un solo estado y al fin del dominio austrohúngaro sobre Bosnia-Herzegovina. El asesinato desencadenó una cadena de acontecimientos que finalmente llevaron al estallido de la Primera Guerra Mundial.
El asesinato de Francisco Fernando tuvo un profundo impacto en la historia europea. Condujo directamente al estallido de la Primera Guerra Mundial, que provocó la muerte de millones de personas y el colapso de varios imperios, incluido el Imperio Austro-Húngaro. El asesinato también contribuyó al surgimiento del nacionalismo en Europa y al conflicto ideológico entre democracia y autocracia que caracterizó gran parte del siglo XX.
