Hussain Haqqani, quien fue embajador de Pakistán en Estados Unidos, escribió:
«Jinnah cumplió su promesa de mantener relaciones amistosas entre las dos naciones independientes que surgieron del Imperio británico hasta su muerte. No tenía idea de la violencia que se desató durante la partición, provocada por la retórica de la Liga Musulmana de la India, la Mahasabha hindú y el Akali Dal.»
«En lugar de convertir a Pakistán en una nación religiosa, se consideró más adecuado un modelo secular. Jinnah también estaba decidido a que India y Pakistán no continuaran enfrentándose.»
«De los 450 miembros, solo 300 asistieron a una reunión en la que uno preguntó si Jinnah volvería a asumir la dirección de los musulmanes de la India. Jinnah respondió al instante: ‘Si el Consejo toma esa decisión, regresaré inmediatamente a la India para liderar a los musulmanes indios y compartir sus dificultades.’»
«Debe existir una Liga Musulmana en la India. Si se plantea disolverla, pueden hacerlo, pero sería un gran error. Sé que hay intentos allí –por parte de Maulana Abul Kalam Azad y otros– de destruir la identidad musulmana en la India. No permitan que eso suceda.»
Incluso después de que Jinnah se trasladara a Pakistán, el gobierno indio no tomó posesión de su bungalow en Mount Pleasant Road, Bombay. La cuestión generó preguntas incómodas al primer ministro Jawaharlal Nehru, tanto dentro como fuera de la Asamblea Constituyente. Finalmente, Nehru le dijo a Sriprakash, el primer Alto Comisionado de la India en Pakistán, por teléfono, que la postura de su gobierno respecto al bungalow se estaba volviendo muy vacilante.
Se propuso entonces consultar a Jinnah sobre sus deseos y el alquiler que consideraría justo. Cuando Sriprakash le planteó la cuestión, Jinnah, sorprendido, respondió en un tono casi inaudible: «Sriprakash, dígale a Jawaharlal que no me rompa el corazón; tal vez no sepa cuánto amo Bombay. Aún tengo la intención de volver a Bombay y quedarme en el mismo bungalow.»
Sriprakash había recibido entrenamiento en abogacía bajo la tutela de Jinnah y le guardaba un gran afecto. Fue a petición de Jinnah que Nehru lo nombró primer Alto Comisionado de la India en Pakistán. En el fondo, Jinnah luchaba con una profunda contradicción: la aparición de Pakistán como Estado se había convertido en una preocupación seria para él.
En los últimos días de su vida, el coronel Dr. Ilahibaksh anotó que, sumido en una profunda tristeza, Jinnah le confesó: «Pakistán es el mayor error de mi vida.»