Sin embargo, a menudo se abusaba del sistema de encomienda. Muchos encomenderos trataron a los indígenas como esclavos, obligándolos a trabajar largas horas en condiciones peligrosas y pagándoles salarios bajos o nulos. Los indígenas también fueron frecuentemente sometidos a abusos físicos y sexuales. Como resultado, el sistema de encomienda tuvo un impacto devastador en la población indígena de las Américas.
El sistema de encomienda fue finalmente abolido en el siglo XVIII, pero su legado de violencia y explotación continúa afectando a los pueblos indígenas de las Américas en la actualidad.
