Uno de los principales grupos religiosos de las Colonias Medias fue la Iglesia Reformada Holandesa. Los colonos holandeses trajeron esta denominación protestante desde los Países Bajos y se convirtió en la iglesia establecida en la colonia de Nueva Holanda. La Iglesia Reformada Holandesa creía en la soberanía de Dios, la autoridad de las Escrituras y la importancia de la piedad personal.
Otro grupo religioso importante en las Colonias Medias fueron los cuáqueros ingleses. Los cuáqueros, también conocidos como Sociedad de Amigos, eran una secta protestante que enfatizaba la importancia de la luz interior y la comunicación directa con Dios. Rechazaron la necesidad de un clero formal y creían que todos los creyentes eran iguales ante los ojos de Dios.
Además de la Iglesia Reformada Holandesa y los cuáqueros, también había otros grupos religiosos representados en las Colonias Medias, incluidos luteranos, bautistas, presbiterianos y católicos. Las Colonias Medias eran un crisol de diferentes creencias religiosas y esta diversidad ayudó a crear una sociedad más tolerante y pluralista.
