En el año 1990, se celebraron elecciones en Rajasthan en las que el Partido Bharatiya Janata obtuvo 85 escaños, Janata Dal Undivided 54 y el Congreso (E) obtuvo 50 escaños. Ganó un candidato del CPI. Los independientes ganaron 9 lugares. Como candidato del BJP, Bhairon Singh Shekhawat compitió desde dos escaños:Chhabra y Dholpur y ganó ambos escaños. Debido a esto, sólo quedaron 84 MLA en la bolsa del BJP y ningún partido obtuvo la mayoría. El BJP solicitó al Janata Dal (Indiviso) que se uniera al gobierno, lo cual fue aceptado. Así, el 4 de marzo de 1990, Bhairon Singh Shekhawat formó gobierno por segunda vez en el estado.
Junto con Shekhawat, Bhanwarlal Sharma y Lalit Kishor Chaturvedi del BJP y Natthi Singh de Janata Dal prestaron juramento como ministros del gabinete. El 14 de marzo de 1990, Krishna Kumar Goel, Chaturbhuj Verma, Vijaysinh Jhala, Ramkishore Meena y Pushpa Jain del BJP y Digvijay Singh, Chandrabhan y Sumitra Singh de Janata Dal prestaron juramento como ministros del gabinete. Harlal Singh Kharra, Ramzan Khan, Kalulal Gurjar, Mohan Meghwal, Jivraj Katara, Kundanlal Miglani, Chunilal Garasiya y Fateh Singh de Janata Dal prestaron juramento como ministros de Estado. Harishankar Bhabhada fue elegido presidente de la Asamblea Legislativa el 16 de marzo de 1990. El 5 de julio de 1990, Yadunath Singh de Janata Dal fue elegido por unanimidad vicepresidente. Posteriormente, el 19 de marzo de 1991, Yadunath Singh dimitió de su cargo y Hira Singh Chauhan del BJP se convirtió en vicepresidente.
El 30 de mayo de 1990, Hari Kumar Audichya y Vidya Pathak del BJP y el profesor Kedar Nath, Sampatram y Madan Kaur fueron nombrados ministros del gabinete. El mismo día, Jogeshwar Garg y Shantilal Chaplot del BJP y Rameshwar Dayal Yadav, Devisingh Bhati, Nafees Ahmed Khan y Gopal Singh Khandela de Janata Dal fueron nombrados ministros de Estado. El 23 de octubre de 1990, Janata Dal decidió separarse del gobierno del BJP debido a Ayodhya Rath Yatra del BJP. Siete ministros del gabinete:Natthi Singh, Sampatram, Prof. Kedar, Digvijay Singh, Chandrabhan, Sumitra Singh y Madankaur y cuatro ministros de estado:Fateh Singh, Gopal Singh Khandela, Rameshwar Dayal Yadav y Nafees Ahmed dimitieron del gobierno, reduciendo el gobierno a una minoría. El 5 de noviembre de 1990, 22 miembros del Janata Dal MLA rechazaron el liderazgo de Nathi Singh y anunciaron su apoyo continuo al BJP.
El 8 de noviembre de 1990, el gobierno de Shekhawat obtuvo el voto de confianza en la Asamblea Legislativa. Obtuvieron 116 votos a favor del gobierno y 80 en contra. El Presidente de la Asamblea Legislativa no votó. El gabinete se amplió el 24 de noviembre de 1990. Digvijay Singh, Gangaram Choudhary, Lalchand Dudi, Bhanwarlal Sharma, Sampat Singh, Jagmal Singh Yadav, Ramnarayan Vishnoi de Janata Dal (Digvijay) como ministros del gabinete, Nafees Ahmed Khan, Umaid Singh, Jagatsingh Dayama , Mandhatasingh, Babulala Khanda y Ratanlal Jat como ministros de Estado y Mishrilal. Chaudhary y Dungarram Panwar fueron nombrados viceministros. El independiente Madan Mohan Singhal fue nombrado Ministro de Estado y Ram Pratap Kasania como Viceministro. El 9 de enero de 1992, Sampat Singh y Jagmal Singh de Janata Dal (Digvijay) dimitieron del gobierno. El 24 de enero de 1992, Jogeshwar Garg y Chunilal Garasiya del BJP dimitieron del gabinete para asistir al yatra de Murli Manohar Joshi. El 17 de febrero de 1992, Kailash Meghwal del BJP prestó juramento como ministro del gabinete. El 1 de diciembre de 1992, el ministro del gabinete del BJP, Lalit Kishore Chaturvedi, renunció al gabinete para participar en el kar seva en Ayodhya.
Nacimiento de tres distritos
Durante el mandato de su segundo gobierno, Bhairon Singh Shekhawat formó los distritos de Dausa, Rajsamand y Baran. Con esto, el número de distritos en el estado aumentó de 27 a 30. Durante este mandato, Bhairon Singh Shekhawat logró que se aprobaran 11.500 millones de rupias para Rajasthan en el Octavo Plan Quinquenal del Gobierno Central.
El segundo gobierno también estuvo bajo el gobierno del presidente
El 6 de diciembre de 1992, debido a las actividades en Ayodhya, el gobierno central derrocó al gobierno de Shekhawat e impuso el gobierno del presidente en el estado y la asamblea fue disuelta.
Tercer gobierno de Bhairon Singh Shekhawat
La votación se celebró el 11 de noviembre de 1993 para la Décima Asamblea Legislativa del estado. El 27 de noviembre se contaron los votos y se declararon los resultados de las elecciones. El BJP obtuvo 95 lugares, el Congreso (E) obtuvo 76 lugares, el PCI (M) obtuvo 1 lugar, Janata Dal obtuvo 6 lugares y los Independientes y otros obtuvieron 21 lugares. El BJP apoyó a Gangaram Chaudhary en Barmer, Bhagwan Das Dosi en Chauhtan y Kunwar Arun Singh en el área de Deeg. Los tres ganaron las elecciones.
Bhairon Singh Shekhawat participó en las décimas elecciones a la asamblea desde el escaño de Bali en el distrito de Pali, en las que salió victorioso. Así, el 11 de diciembre de 1993, Bhairon Singh Shekhawat formó por tercera vez su gobierno en el estado con la ayuda de independientes. Al comentar sobre el gobierno del presidente cuando formó su tercer gobierno, lo llamó "feriado gubernamental".
Junto a él, Bhanwarlal Sharma, Lalit Kishore Chaturvedi, Devisingh Bhati, Gulabchand Kataria y los independientes Sujan Singh Yadav y Gangaram Chaudhary del BJP fueron nombrados ministros del gabinete. Nathusinh Gurjar, Rajendrasinh Rathod, Jaswantsinh Bishnoi, Shrikishan Songra, Nandlal Meena, Rampratap Kasania, Anang Kumar Jain, Madan Dilawar, Achalaram Meghwal, Sanwarlal Jat, el independiente Rohitash Kumar, Gyan Singh Chaudhary, Narendra Kanwar y Shashi Dutta fueron nombrados ministros de Estado del BJP. . . Los independientes Gurjant Singh y Mangalaram Koli fueron nombrados viceministros.
El 22 de diciembre de 1993, Arjun Singh Deora, del BJP, prestó juramento como ministro de Estado. El 20 de febrero de 1994, Kailash Meghwal y Raghuveer Singh Kaushal del BJP prestaron juramento como ministros del gabinete. De los 6 miembros de Janata Dal, tres miembros se unieron al BJP. El 6 de octubre de 1994, el presidente de la Asamblea, Harishankar Bhabhada, fue nombrado ministro del gabinete, y Nasrukhan, Brijraj Singh y Poonjalal Garasiya fueron nombrados ministros de Estado. Brijraj Singh murió el 27 de febrero de 1995. Debido a diferencias con el Ministro Principal, Shashi Dutta dimitió el 17 de enero de 1997 y Poonjalal Garasiya el 20 de enero de 1997. El 7 de diciembre de 1997, Devisingh Bhati también tuvo que dimitir siguiendo instrucciones del Ministro Principal de Comportamiento indecente con un oficial superior. El 21 de marzo de 1998, Raghuveer Singh Kaushal también dimitió tras ser elegido presidente estatal del BJP. Gyan Singh Choudhary dimitió el 1 de junio de 1998 por motivos personales.
El 2 de julio de 1998, Ghanshyam Tiwari del BJP fue nombrado ministro del gabinete y Rajpal Singh Shekhawat, Kalicharan Sarraf, Rajendra Gehlot, Kanhaiyalal Meena, Bhanwar Singh Dangawas, Babulal Verma, Sunderlal, Amraram Choudhary, Dalichand, Shivdan Singh, Mahavir Bhagora y Ujla. Arora eran ministros de estado. fue nombrado. El 8 de julio de 1998, Vijayendra Pal Singh fue nombrado ministro del gabinete y Chunilal Dhakad fue nombrado ministro de Estado. Dos viceministros, Gurjant Singh y Mangalaram Koli, fueron ascendidos y nombrados ministros de Estado.
Énfasis en la creación de nuevas industrias
Bhairon Singh Shekhawat hizo hincapié en el establecimiento de nuevas industrias en Rajasthan y decidió brindar asistencia estatal a quienes establezcan nuevas industrias en ciudades con una población de hasta un lakh. La alfabetización, la plantación de árboles, la planificación familiar, la educación de la mujer, etc. fueron los principales programas de su prioridad. Cuando asumió el cargo de Ministro Principal por tercera vez en 1993, se adoptó una disposición para la planificación familiar modificando la Ley Panchayati Raj según la cual una persona con más de dos hijos no puede participar en la elección de Panch-Sarpanch. Durante este mandato, Shekhawat dio un nuevo ejemplo en la historia democrática de la India al establecer reservas para castas, tribus, otras castas atrasadas y mujeres registradas en Panchayati Raj y las instituciones autónomas locales. Esta reserva se implementó sobre la base del sistema de rotación.