Cuando Jawaharlal Nehru tomó posesión como Primer Ministro el 15 de agosto de 1947, Sardar Patel fue nombrado Viceprimer Ministro y se le asignó la cartera del Ministerio del Interior. La cartera de Relaciones Exteriores quedó bajo la responsabilidad de Nehru. Así, al instante de la independencia, Patel enfrentó tres grandes desafíos: integrar los 562 estados principescos de la India, contener los disturbios comunales que se desbordaban desde Pakistán y organizar el reasentamiento de los refugiados que llegaban.
Estas tareas no eran fáciles, pero Patel estaba hecho para los retos difíciles. Por ello, se puso a trabajar simultáneamente en los tres frentes.
Los refugiados que huían de Pakistán llegaban con noticias de masacres y saqueos contra hindúes, lo que provocó una ola de violencia que se extendía desde Amritsar hasta Delhi. Para contener la situación se necesitaban sensibilidad humana y una voluntad férrea.
Patel visitó el Punjab y organizó una gran reunión pública en Amritsar, donde explicó a los sijs que, si la violencia continuaba, el conflicto en Pakistán se prolongaría y dificultaría la salida de sus hermanos. Tras su intervención, los incidentes violentos en el Punjab disminuyeron notablemente.
Al mismo tiempo, Patel reprimió con firmeza los disturbios en Delhi. Antes de la creación de Pakistán, había criticado enérgicamente la actitud dogmática de Jinnah y sus colaboradores, lo que llevó a algunos líderes del Congreso a acusarlo de ser antimusulmán. Gandhi, sin embargo, aclaró a un periodista que la forma de Patel de abordar el problema hindú‑musulmán era distinta a la suya, pero que calificarlo de antimusulmán era un error.
Pyarelal, cercano colaborador de Gandhi, escribió: «A veces se percibe a Sardar Patel como enemigo de los musulmanes y de Pakistán, pero no hay mayor injusticia. Fue él quien decidió que los musulmanes que eligieron permanecer en la India debían ser tratados con justicia y dignidad».
Morarji Desai, futuro Primer Ministro, recordó: «Trabajé bajo el liderazgo de Sardar durante unos veinte años y, por experiencia personal, puedo afirmar que él fue el único que no mostró prejuicio religioso, de casta o comunitario. Siempre tuvo buena voluntad hacia todas las religiones y comunidades».
