Había pasado más de un año desde que Shivaji conoció a Sambhaji. Llegaron a Panhala para explicarle y ver los cambios en él. Con lágrimas en los ojos, Sambhaji cayó a los pies de su padre y comenzó a disculparse por sus crímenes. Shivaji lo hizo sentarse y le dijo cosas buenas sobre la mundanalidad. Intenté explicar la diferencia entre el bien y el mal. Shivaji le mostró a Sambhaji una lista de todas las fortificaciones, riquezas, adornos, etc. para que Sambhaji se sintiera responsable y trató de decirle cómo la carga de un estado enorme iba a recaer sobre sus hombros. A Shivaji se le había ocurrido la idea de mantener a Sambhaji bajo la protección de Sambhaji, pero Shivaji se dio cuenta de que no había ningún remordimiento en el corazón de Sambhaji, una disculpa era sólo un ritual formal. Por lo tanto, Shivaji volvió a poner a Sambhaji bajo estricto control en el fuerte de Panhala y, con gran pesar, se despidió de Sambhaji. Shivaji entendió muy bien que el reino de Maratha nunca podría estar seguro en manos de Sambhaji mientras su hijo menor, Rajaram, tuviera sólo 10 años.
Shivaji tuvo ocho matrimonios. De estos ocho matrimonios tuvo dos hijos y seis hijas. A Shivaji ahora sólo le quedaban con vida tres esposas. Shivaji sintió un profundo dolor al ver la condición de su familia. La Madre Jijabai, que había sido su guía durante toda su vida, había ido al cielo. El padre de Shivaji, Shahaji Bhonsle, también falleció. La reina mayor de Shivaji, Saibai, era inteligente e inteligente, pero ella también había fallecido. Sambhaji era el hijo de este Saibai pero estaba dañando el reino de su padre al no tener cultura ni carácter. Soyarabai, la madre del segundo hijo menor, Rajaram, era de naturaleza muy dura y solía conspirar día y noche para conseguir el reino para su hijo. Para controlar a los ocho primeros ministros del estado, se necesitaba un rey muy talentoso, algo que faltaba por completo en la familia de Shivaji. Debido a esta preocupación, Shivaji ya había caído gravemente enfermo. Una vez más decepcionado por Sambhaji, Shivaji volvió a enfermarse. Desde el 13 de diciembre de 1679, Shivaji dejó los asuntos estatales y se sentó a los pies de Samarth Guru Ramdas y comenzó a adorar a Dios.
Shivaji partió hacia Raigad desde Poona el 4 de febrero de 1680. El 7 de marzo, consiguió que Rajaram realizara los ritos de sacrificio y el 15 de marzo se casó con Drapati Bai, la hija de su difunto comandante Prataprao. El 23 de marzo, Shivaji tuvo celo y empezó a sufrir diarrea con sangre.
Cuando la condición de Shivaji permaneció así durante 12 días y ningún medicamento obtuvo ningún beneficio, Shivaji entendió la ley. El 3 de abril, llamó a sus ministros, feudatarios, ocho jefes y generales y les dio las instrucciones necesarias relacionadas con el estado y también realizó algunos rituales religiosos. Shivaji llamó a los súbditos y predicó que el cuerpo debería ser mortal y el alma inmortal. El mismo día, el sustantivo de Shivaji se volvió cero y cerró los ojos. Chhatrapati Shivaji Raje, el fundador del enorme reino hindú en el sur de la India, exhaló su último aliento el 3 de abril de 1680 en la tierra santa de la India. Millones de páginas de la historia de la India están llenas de elogios a este maravilloso rey. En el momento en que su abanico de vida volaba hacia el cielo infinito, en ese momento innumerables personas dentro y fuera de su palacio estaban de luto.
Algunos historiadores opinan que la madre de Rajaram, Soyra Bai, envenenó a Shivaji para que Rajaram pudiera obtener el reino. Esta visión se ve reforzada cuando Shivaji sufre diarrea con sangre. Después de la muerte de Shivaji, los ministros nombraron rey de los Marathas al hijo mayor de Shivaji, Sambhaji. Sambhaji hizo matar a Soyarabai, quien era considerada la asesina de su padre. Putli Bai, otra esposa superviviente de Shivaji, cometió sati junto con el cuerpo de Shivaji. Sakwar Bai, la tercera esposa superviviente de Shivaji, fue capturada y encarcelada por el ejército de Aurangzeb unos días después. La esposa de Sambhaji, Yesubai, y el hijo de Yeshubai, Shahuji, también fueron hechos prisioneros junto con Sakwar Bai y Aurangzeb. Los miembros de la familia de Shivaji permanecieron en cautiverio de Aurangzeb durante mucho tiempo. Después de algún tiempo, Sambhaji también fue torturado y asesinado por Aurangzeb. Le sacaron los ojos, le sacaron la lengua, le quitaron la piel y le cortaron un huevo y lo alimentaron a los perros. Sambhaji falleció el 11 de marzo de 1689, tras sufrir terribles torturas durante 15 días.
Así, la familia de Chhatrapati Shivaji, que soñaba con establecer el padapadshahi hindú expulsando a los mogoles del país, tuvo que afrontar terribles torturas a manos de los mogoles.
