Una semana después de su regreso de Surat, Shivaji recibió la noticia de la muerte de su padre Shahaji en el fuerte de Raigad. Shahaji murió en un accidente el 23 de enero de 1664 mientras jugaba a cazar. Al escuchar la noticia de la muerte de Shahji, Jijabai decidió cometer a Sati, pero Shivaji y Samarth Guru Ramdas impidieron con gran dificultad que su cuñado cometiera a Sati. Después de retirarse de las últimas acciones de su difunto padre, Shivaji volvió a atacar a los mogoles. Después de Surat, Shivaji atacó los territorios mogoles ubicados entre Aurangabad y Ahmednagar y recuperó muchos de sus fuertes de manos de los mogoles. Muazzam, el Mughal Subedar del Sur, era hijo de Aurangzeb pero no pudo hacer nada contra Shivaji. La flota de Shivaji también comenzó a manipular los barcos de pasajeros que iban de Surat a La Meca y comenzó a destruir los territorios de los mogoles porque el Lal Mahal de Poona todavía estaba bajo el control de los mogoles. En octubre de 1664, Shivaji saqueó la ciudad de Vengurla bajo Bijapur.
Después de esto atacó a Khawas Khan y también lo dañó. Baji Ghorpade, el vasallo de Mudhol, acudió en ayuda de Khawas Khan con ejército y dinero. Shivaji mató a Ghorpade en una batalla directa. Era el mismo Baji Ghorpade que había tomado cautivo a Shahaji y lo había entregado a Adilshah en 1648 d.C. al invitar al padre de Shivaji, Shahji, a comer en su casa. Se sabe que Sajjan Singh o Sujan Singh, el antepasado de Shivaji, llegó al sur desde Mewar en el siglo XIV; su descendiente de séptima generación, Bhim Singh, recibió el título de Raja Ghorpade del sultán del reino de Bahmani y el jagir del 84. pueblos de Mudhaul. Shahji y el actual Jagirdar Baji de Mudhol eran descendientes del mismo Ghorpade Jagirdar, pero los movimientos torcidos de la política los convirtieron en feroces enemigos entre sí. Shivaji le arrebató el dinero que Baji Ghorpade había traído para entregárselo a Khawas Khan.
Después de estimar su poder ante los mogoles, Shivaji escribió una carta a Aurangzeb en 1664 d.C. :"El emperador envió a sus generales a destruir mi país sin ningún motivo y tomó posesión de mi fuerte y palacios. Su comandante Afzal Khan ha sido destruido y Shaista Khan ha sido humillado y regresado. Estoy protegiendo a mi país, que es mi religión. Los invasores de mi país siempre han tenido que enfrentar la derrota. Me gustaría informarles que mi hogar (estado) no lo es. Tan vulnerable como lo era antes cuando sus ejércitos se apoderaron de él. Hoy mi país (estado) tiene 600 millas de largo y 120 millas de ancho, altas montañas y 60 fuertes invencibles lo protegen. Le sugiero que no me arrastre a mí ni a nadie más a la batalla. sin ninguna razón. Tu amigo-Shivaji."
Aurangzeb, después del fracaso de los Subedars musulmanes, nombró a un rey hindú, Amber Naresh Jai Singh, como Subedar del Sur en lugar de Muazzam, el Subedar del Sur, y envió a Diler Khan como su asistente. Junto con Jai Singh, los reyes Bundela también fueron enviados al sur. En marzo de 1664, Maharaja Jai Singh llegó a Poona, instaló su campamento y comenzó a apretar el lazo sobre Shivaji. El 30 de marzo de 1665, Jai Singh sitió muchos fuertes, incluido el fuerte de Purandar. Jai Singh envió un mensaje a Shivaji pidiéndole que firmara un tratado con los mogoles. Esto aumentaría enormemente el estatus de Shivaji. En ese momento, 4.000 soldados y 3.000 agricultores se refugiaban en el fuerte de Purandar. El 27 de abril de 1665, el ejército mogol prendió fuego a unas 50 aldeas alrededor del fuerte de Rohida. Cuatro aldeas situadas en las montañas quedaron sepultadas bajo el suelo y muchas personas inocentes fueron llevadas cautivas. Las fuerzas de Jai Singh quemaron las aldeas cercanas del fuerte de Kondana el 2 de mayo de 1665. El 5 de mayo de 1665, Qutubuddin Khan quemó las aldeas cercanas del fuerte de Kimwari hasta reducirlas a cenizas. El mismo día, los mogoles también prendieron fuego a las aldeas densamente pobladas debajo de Lohagarh. Los mogoles también capturaron Rudramal. De esta manera, hubo un alboroto entre los súbditos de Shivaji. El general de confianza de Shivaji, Murar Baji, fue útil mientras luchaba contra los mogoles.
Por un lado, los ejércitos mogoles estaban causando estragos entre los súbditos y, por el otro, Jai Singh se unió a algunos de los asistentes de Shivaji dándoles dinero. Debido a esto, existía la posibilidad de que se produjera un terrible derramamiento de sangre entre las personas que vivían en el fuerte Purandar. Shivaji envió propuestas de tratado escribiendo cartas a Jai Singh varias veces, pero Jai Singh no quería hablar menos que de la rendición total de Shivaji. Debido a los trucos diplomáticos y la presión militar de Jai Singh, Shivaji apareció repentinamente cerca del campamento militar de Jai Singh el 11 de mayo de 1665, llevando a cinco o seis ministros brahmanes. Tan pronto como llegó la noticia de su llegada, hubo inquietud entre los mogoles y esperaron que ocurriera algún incidente adverso. Shivaji envió una solicitud para reunirse con Jai Singh de manos de sus ministros. Jai Singh no se reunió con Shivaji por miedo a Diler Khan y lo envió junto con su hijo a Diler Khan. Aunque Diler Khan trabajaba bajo el mando del maharajá, este calumniador podía en cualquier momento desviar el corazón del emperador en nombre del maharajá enviando cualquier información falsa. Diler Khan estaba satisfecho con este acto de Jai Singh y él mismo llegó a la tienda de Jai Singh con Shivaji. A instancias de Jaisingh, Diler Khan entregó a Shivaji a la protección de Jai Singh.
Al encontrarse en soledad, Shivaji le dijo a Jai Singh- "Estoy tomando todas estas acciones para la protección de Hindutva y Maharaja Jai Singh también debería apoyarme en este trabajo de importancia nacional. Los ejércitos del emperador han destrozado antiguos templos hindúes. e impuso jizya a la casta hindú humillando y destruyendo los ídolos de las deidades. Las giras de peregrinación son acosadas". Jaising dijo que pase lo que pase, el emperador es nuestro amo, debemos aceptar su sumisión. Ante esto, Shivaji le dijo a Jaisingh:"¡No eran Shah Jahan y su hijo Dara Shikoh tus amos! ¿No era tu religión protegerlos? Ambos te habían amado toda su vida, pero ¿por qué los abandonaste y te convertiste en ¡A favor de Aurangzeb! Hoy el reino de los mogoles se basa en Rajputs. Dejas el lado del rey que oprimió a los hindúes. Esto beneficiará al país."
Estas cosas no tuvieron ningún efecto en Jai Singh y siguió presionando a Shivaji para que firmara un tratado. Dijo que ésta era la única manera de salvar a Shivaji del derramamiento de sangre de los Marathas. Muchos fuertes de Shivaji estaban bajo el asedio de los mogoles en ese momento. El propio Shivaji estaba desarmado en el campamento de los mogoles. En cierto modo, en ese momento ella era prisionera de Jaisingh. De modo que Shivaji tenía que estar dispuesto a firmar un tratado en condiciones humillantes. En la historia de la India se le llama Tratado de Purandar. Las principales condiciones de este tratado fueron las siguientes:
1. Shivaji dedicará sus 23 famosos fuertes al emperador cuyos ingresos fueron de aproximadamente 4 lakh hon, es decir, 16 lakh de rupias.
2. Sambhaji, hijo de Shivaji, asistirá al servicio del emperador y realizará un servicio regular. A cambio recibirá cinco mil mansab.
3. Shivaji cooperará plenamente con los mogoles junto con su ejército en la lucha contra Bijapur.
4. Shivaji conservará sólo 12 fuertes, incluido Rajgarh, y unos ingresos de un lakh de rupias bajo la condición de servicio y lealtad al emperador.
5. Shivaji estará exento del khidmat y mansab del rey.
Esta carta de tratado fue enviada a Aurangzeb para su aprobación. Aurangzeb no estaba satisfecho con este tratado. Quería la extradición de todos los fuertes de Shivaji, pero Jai Singh se negó. Por tanto, Aurangzeb envió su aprobación. Shivaji caminó 6 millas desde su tienda para obtener esa carta de aceptación y entregó las llaves de 23 fuertes a Jai Singh después de firmar el tratado. Jaisingh envió esas llaves a Aurangzeb. De esta manera, ambas partes dieron un suspiro de alivio, pero después de un tiempo Aurangzeb comenzó a presionar a Jai Singh para que trajera a Shivaji a Delhi. Jai Singh le pidió a Shivaji que fuera a Delhi y se reuniera personalmente con el emperador, pero Shivaji se negó en todas las ocasiones.
Manuchi, el autor de Storia the Mogor, conoció a Shivaji en el campamento de Jai Singh y pasó algún tiempo con él. Manuchi ha escrito que cuando Shivaji estaba en el campamento de Jai Singh, Diler Khan le pidió a Jai Singh varias veces que le permitiera matar a Shivaji o al propio Jai Singh, pero Jai Singh no estuvo de acuerdo. Diler Khan seguía diciendo repetidamente que el rey Aurangzeb estaría muy contento de matar a Shivaji, pero Jai Singh le había prometido a Shivaji que Shivaji estaría protegido y que el emperador lo trataría con respeto.
Después de algún tiempo, Jai Singh atacó el estado de Bijapur. En este ataque, Shivaji tuvo que acompañar a Jai Singh con su ejército. Netaji Palkar, un ayudante de Shivaji, también acompañó a Shivaji en esta guerra. Netaji Palkar fue llamado el segundo Shivaji. Los ejércitos de Jai Singh y Shivaji juntos realizaron un fuerte ataque contra Bijapur, por lo que el ejército de Bijapur que se retiraba de su frontera quedó confinado a la puerta de Bijapur. La victoria de Jai Singh fue claramente visible, pero hubo una diferencia de opinión entre Shivaji y Netaji Palkar y Netaji dejó a Shivaji y se dirigió hacia Bijapur. Al mismo tiempo, hubo una diferencia de opinión entre Jai Singh y Diler Khan. Debido a esto la acción de Jaisingh se debilitó. Por otro lado, los ejércitos de la Golconda acudieron en ayuda de Bijapur. Debido a esto, Jai Singh tuvo que retirarse y este ataque no arrojó ningún resultado. Jaisingh quedó tan impresionado por la valentía de Netaji Palkar que consiguió que Netaji Palkar estuviera de su lado dándole mucho dinero. Ahora se convirtió en el comandante de los mogoles, sin ser asistente de Shivaji.