Huayna Cápac , originalmente llamado Titu Cusí Huallpa, al acceder al trono inca tomó el nombre de Huayna Capac. A pesar de haber adoptado como consejero a su tío el auqui Topa Inca, su ascenso al poder fue difícil, teniendo incluso que vivir un tiempo escondido para escapar de las intrigas de la codiciosa Chuqui Ocllo, concubina de su padre, a quien había envenenado para permitir su hijo Cápac Huari será entronizado Inca. Habiendo obtenido el apoyo de cierto sector de la nobleza para sus propósitos, Chuqui Ocllo encabezó una insurrección que finalmente fue doblegada por el general Otorongo Achachi, militar de gran prestigio y experiencia, quien liquidó a los cabecillas, comenzando por Chuqui Ocllo; Cápac Huari fue perdonado pero Chinchero fue desterrado a morir en el mismo lugar donde su madre envenenó a su padre. La crisis no terminó ahí, ya que Titu Cusí Huallpa aún era menor de edad, por lo que fue necesario nombrarlo incap raptin. (regente). La nobleza nombró a Apo Huallpaya, tío del joven heredero al trono, quien pronto conspiró a favor de su hijo, en colaboración con el clero solar. Dicho complot fue descubierto por Huamán Achachi gracias a la denuncia de un grupo de ladrones, quienes luego de arrebatar varias canastas de coca a unos mitayos que se dirigían al Cuzco, encontraron armas en su interior. Luego de las investigaciones pertinentes, se ordenó la captura y muerte de los involucrados.
Huayna Cápac se llama Inca
Una vez reconocido como Inca, Huayna Cápac mantuvo pacificado el imperio, por lo que visitaba frecuentemente su territorio y nombraba funcionarios administrativos en todo tipo de actividades. Nombró como su sucesor a su hijo Topa Cusí Huallpa (Huáscar), lo que le permitió postularse. Dejándolo a cargo del gobierno del Cuzco, emprendió una expedición al Chinchaysuyo, compuesta por un ejército de doscientos mil hombres, sin incluir mujeres y yanas. . Pasando por el reino de los Huancas, ordenó la segregación de dicho reino en tres distritos o sayas autónomo, para culminar las viejas rivalidades de los jatun curacas de hanan y urin, medida eficaz con la que destruyó el poderoso reino de huanca.
Entró en la provincia de Chachapoyas sofocando una rebelión, y desde allí emprendió la conquista de Chilcho hasta Moyobamba. Desde Tumipampa envió tropas para poner en orden a los huancavilcas y chonos, pero debido al tórrido clima de la costa le fue imposible restablecer el control directo, llegando a un acuerdo por el cual pagarían un tributo en conchas, evitando futuras incursiones de El pueblo cuzqueño lanzó casi simultáneamente otro ejército contra carangues, cayambes y pastos, etnias del extremo norte, a quienes derrotó tras una larga lucha que duró diez años. Los rebeldes fueron derrotados y masacrados en la batalla de Cocharangue , que a partir de esa fecha se llamó Yawarcocha (lago de sangre), en memoria de las aguas teñidas de rojo. Posteriormente recibió noticia de una incursión de tropas guaraníes en el Collao, ordenando a su capitán Yasca reconquistar la guarnición de Cuzcotullo. Cientos de guaraníes fueron hechos prisioneros y trasladados a Vilcanota, donde eran conocidos como chiriguanos. En su época el imperio alcanzó su máxima expansión y esplendor, llegando hasta el río Ancasmayo (actual río Carchi que separa Ecuador de Colombia).
La llacta También cobró importancia Quito, ubicada al norte, residencia de cientos de mitmas Los incas, designados para controlar las tierras subversivas de Carangue, Cayambe y Pasto, pero el Cuzco mantuvo su hegemonía política. En una de sus incursiones a la costa, Huayna Cápac contrajo una extraña enfermedad que asolaba a la población del norte del imperio, muriendo en su palacio de Tumipampa. Su muerte creó una crisis de sucesión que desembocó en una guerra civil entre sus hijos Huáscar y Atahualpa.
