Orígenes y carrera militar
Agustín de Jáuregui y Aldecoa nació en Navarra en 1711, hijo de Matías de Jáuregui y Apesteguía y Juana de Aldecoa y Borda. Ingresó en el ejército al servicio del rey Felipe V, destacándose como caballero de la orden de Santiago en 1736. Alcanzó el rango de capitán al frente del regimiento de dragoons de Almansa, que combatió en África. En 1740 fue destinado a Puerto Rico y, poco después, a Cuba. Más tarde, volvió a la península ibérica y participó en la campaña portuguesa comandando el regimiento de dragoons de Sagunto, sobresaliendo en el asedio y captura de Almeyda (1762).
Gobierno en Chile y ascenso a Virrey del Perú
Reconocido como mariscal de campo, en 1773 fue nombrado gobernador y capitán general de Chile. Siete años después, alcanzó el rango de teniente general y, el 10 de enero de 1780, fue designado virrey del Perú, sustituyendo a Manuel de Guirior. Aunque tomó posesión formal el 5 de noviembre de 1780, ya ejercía sus funciones desde julio. Su recibimiento por el consejo limeño y el discurso elogioso (y crítico) de José Baquíjano en la Universidad de San Marcos (agosto de 1781) quedaron registrados en la historia.
La rebelión de Túpac Amaru II
El principal desafío de su administración fue la insurrección liderada por José Gabriel Condorcanqui, quien se autodenominó Túpac Amaru II en honor a sus antepasados incas. Con amplio apoyo indígena, el caudillo ejecutó al corregidor de Tinta y lanzó proclamas contra los abusos fiscales, la mita y la distribución forzada de mercancías. En marzo de 1781, el general José del Valle logró capturar a Condorcanqui, y el 18 de mayo del mismo año él, su esposa y sus familiares fueron ejecutados en la plaza mayor de Cuzco. Posteriormente, el sobrino Diego Cristóbal Tupac Amaru también fue derrotado y ejecutado.
Como respuesta, el virrey adoptó medidas para suprimir la difusión de imágenes y textos que exaltaran la tradición inca, prohibió la enseñanza oficial del quechua y eliminó la distribución forzada de mercancías por parte de los corregidores.
Últimos años y fallecimiento
Con las rebeliones internas prácticamente contenidas, Jáuregui entregó el mando a Teodoro de Croix el 6 de abril de 1784. Tres semanas después, el 27 de abril, falleció en Lima a los 73 años.