Manco Inca, hijo de Huayna Cápac, sobrevivió a la feroz represión de los generales de Atahualpa contra la nobleza cusqueña y se refugió en la selva de Vilcabamba. Tras la muerte de Huáscar y Atahualpa, apareció en el campamento español de Jaquijahuana acompañado de nobles de Cuzco, donde fue recibido con cortesía por Francisco Pizarro. Buscó el apoyo de la aristocracia cusqueña legítima y, para ello, entregó al general Calcuchimac, de Atahualpa, a manos de Manco Inca. Después de liberar Cuzco de la ocupación quiteña, Pizarro lo coronó como soberano y le ayudó a combatir a las fuerzas de Quizquiz, que intentaban reconquistar la ciudad imperial. La campaña se extendió al norte de Jauja, donde las tropas quiteñas se retiraron y Manco Inca luchó junto a Hernando de Soto, derrotando definitivamente a sus rivales.
Rebelión de Manco Inca
Al regresar a Cuzco, Manco Inca constató que la actitud de los españoles había cambiado: la cordialidad dio paso a violaciones, saqueos, torturas y humillaciones. Fue encadenado en tres ocasiones, tuvo que pagar un rescate en oro y entregó a su hermana a Gonzalo Pizarro. Desilusionado, comenzó a conspirar, logró escapar de la ciudad y reunió a unos 40.000 soldados, rodeando Cuzco a finales de abril de 1536. La caballería española jugó un papel importante en la defensa, pero no pudo detener el empuje incaico, que asediaba la ciudad día y noche, reduciendo a los españoles al control de la plaza principal y sus alrededores. Mientras tanto, Manco Inca envió un ejército bajo el mando de Titu Yupanqui para atacar Lima.
Los españoles permanecieron inmovilizados en Cuzco durante siete días; entonces Hernando Pizarro decidió pasar a la ofensiva y atacar la fortaleza de Sacsayhuamán. Tras dos intentos y numerosas bajas, logró desalojar a los incas. Manco Inca buscó refugio primero en Calca y luego en Ollantaytambo para reorganizar su ejército. A pesar de haber roto el asedio, los enfrentamientos entre ambas facciones continuaron a diario. Hernando Pizarro comprendió que la única forma de acabar con la rebelión era capturar a su líder, por lo que organizó una nueva expedición de 60 jinetes, 30 infantes y miles de auxiliares indígenas. Cerca de Ollantaytambo dividió su ejército en dos columnas para un ataque de doble franja, pero Manco Inca, con una maniobra magistral, aisló a ambas fuerzas. La batalla se convirtió en una verdadera carnicería, donde los auxiliares indígenas españoles sufrieron las mayores pérdidas. Tras la derrota, Hernando fue acosado tanto en la ciudad como en sus alrededores, mientras los incas asaltaban zonas como Canchis, Jaquijahuana y Chincheros, logrando varias victorias. Astuto, Manco Inca aprendió a manejar las armas occidentales gracias a prisioneros españoles y, en los combates posteriores, fue visto a caballo.
En marzo de 1537 Diego de Almagro, de regreso de su fallida expedición a Chile, intentó sin éxito llegar a un acuerdo con el rebelde inca. Su verdadero objetivo era ganar el apoyo de Manco Inca y expulsar a los Pizarro de Cuzco. Al enterarse del fracaso del asedio a Lima y de la derrota de sus capitanes en la sierra central, Manco consideró prudente retirarse a Vilcabamba, desde donde emprendió una guerra de guerrillas destruyendo las caravanas que circulaban entre Cuzco y Lima. Para contener estos ataques, los españoles fundaron la ciudad de San Juan de la Frontera de Huamanga.
Últimos años y muerte
Con el tiempo, Manco Inca adoptó una política más flexible y ofreció refugio a los almagristas españoles que huían de la represión de los Pizarro. Sin embargo, en 1544 fue asesinado en su escondite de Vilcabamba por los mismos almagristas a quienes había acogido generosamente.
