Sus hijos, de mayor a menor, son:
1) James Cook (junior) (13 de noviembre de 1763 - 28 de diciembre de 1794)
- Se unió a la Royal Navy en 1778 y, al igual que su padre, ascendió al rango de Comandante. Murió durante una expedición al estrecho de Bering en 1794.
2) Nathaniel Cook (14 de diciembre de 1764 - 2 de octubre de 1781)
- También se unió a la Royal Navy y sirvió en el tercer viaje de su padre. Murió de tuberculosis en 1781 a la edad de 16 años.
3) Elizabeth Cocinera (15 de abril de 1767 - 13 de mayo de 1771)
- Murió a la edad de 4 años y está enterrada en Stepney, al este de Londres.
4) José Cook (25 de agosto de 1768 - 11 de septiembre de 1768)
- Murió en la infancia y también está enterrado en Stepney.
5) Sarah Cocinera (24 de abril de 1770 - 18 de febrero de 1821)
- Se casó con un oficial de la Marina Real llamado John Rickman en 1792.
6) Hugh Cook (21 de mayo de 1776 - 19 de octubre de 1793)
- Ingresó a la Royal Navy en 1788 y sirvió en varios barcos, incluido el HMS Victory. Murió de fiebre amarilla en 1793 a la edad de 17 años.
