1792
Atendiendo la solicitud de la emperatriz Catalina la Grande, Jones se dirige a Rusia, donde es nombrado contralmirante (rango de tres estrellas) de la Armada rusa. Asume el mando de una escuadra en el Mar Negro, pero pronto se ve obligado a regresar a San Petersburgo por problemas de salud.
1794
John Paul Jones fallece en París. Inicialmente es sepultado en un cementerio protestante, aunque su tumba desaparece durante más de un siglo. En 1905 sus restos son trasladados y reenterrados en la Academia Naval de los Estados Unidos, donde permanecen como homenaje a su legado.