Después de la guerra, Rickenbacker se involucró en la industria de la aviación, inicialmente trabajando como ejecutivo para varias empresas de automóviles y aviación. Más tarde fundó su propia aerolínea, Eastern Airlines, que se convirtió en una de las aerolíneas más grandes de Estados Unidos. Rickenbacker fue presidente de Eastern Airlines de 1929 a 1938 y de 1940 a 1944.
Durante la Segunda Guerra Mundial, continuó sirviendo a los Estados Unidos como general en las Fuerzas Aéreas del Ejército de EE. UU., supervisando la producción y adquisición de aviones. A pesar de un accidente aéreo que lo dejó varado en una balsa salvavidas en el Pacífico Sur durante 23 días, sobrevivió y desempeñó un importante papel de asesor del general Henry Arnold.
A lo largo de su carrera de posguerra, también formó parte de varios comités y comisiones gubernamentales, a menudo centrándose en la aviación y el transporte aéreo. También publicó varios libros sobre su vida y experiencias durante la guerra.
Eddie Rickenbacker murió en su casa de Zurich, Suiza, el 23 de julio de 1973, a la edad de 82 años. Se le recuerda no sólo como un intrépido héroe de guerra y pionero de la aviación, sino también como un líder respetado en la industria de la aviación y un incansable Abogar por el avance de la tecnología de la aviación.