El período Jomon, famoso por su cerámica característica, se extendió unos 10 000 años y se divide en seis fases: temprano, medio y tardío.
Antes de él, el Paleolítico coincidió con la última glaciación.
Período temprano
Entre hace 15 000 y 13 000 años surgió un pequeño poblado en el sur de Kyushu. Aproximadamente hace 12 000 años la cultura Jomon comenzó a florecer y, unos 9 500 años atrás, aparecieron los primeros asentamientos permanentes. Estos fenómenos se difundieron gradualmente por todo el archipiélago.
El tamaño de los poblados y la densidad demográfica variaron según la región: en el este de Japón los asentamientos crecieron, mientras que en el oeste tendieron a ser más reducidos.
Período medio y tardío
Hace unos 4 000 años (fase media) se produjo un enfriamiento global que provocó una disminución de la población, sobre todo en el noreste, donde los asentamientos se contrajeron. Con el retorno de un clima más cálido, alrededor del final del período tardío, se observó una nueva expansión, particularmente en el oeste.
En esta época llegaron migrantes del continente, los futuros Yayoi, marcando la transición al período Yayoi.
Estudios recientes indican que la cultivación de arroz pudo haber comenzado ya en el Jomon temprano. Evidencias de obsidiana y jade rojo, extraídas de Hokkaido, Okinawa y la península coreana, respaldan contactos de larga distancia.
También se han hallado espadas de bronce y hachas de piedra de origen chino en la costa noreste del Mar de Japón, lo que sugiere rutas comerciales más extensas de lo que se creía.
La cultura del arroz se introdujo inicialmente como cultivo de campo seco (arroz de riego bajo), mientras que la agricultura de arroz de inundación, con campos y sistemas de riego, se popularizó más tarde, cuando los Yayoi se asentaron en el oeste.
En el este, sin embargo, la agricultura de cultivos como la nuez y el roble, junto con una fuerte actividad pesquera, siguió siendo predominante. Aunque los estilos de vida Jomon y Yayoi se superpusieron, los antropólogos destacan diferencias claras entre ambos grupos.
Los Yayoi, portadores de la cultura continental, no sustituyeron por completo a los Jomon. Muchas tradiciones Jomon permanecieron, especialmente en regiones como Hokkaido y Okinawa, que continuaron desarrollándose de forma independiente.
Estos nuevos conocimientos se deben al descubrimiento de numerosos yacimientos arqueológicos, al avance de las técnicas de análisis y a la comparación de datos de distintas áreas.
La visión tradicional —que los Yayoi trajeron el arroz desde el continente y dieron inicio al período homónimo— podría revisarse a medida que futuras investigaciones arrojen más luz sobre esta compleja transición.