En Basilea, el Directorio francés fue relativamente generoso porque necesitaba la marina española, que era la tercera más grande del mundo. Se volvió a la tradicional alianza de Francia y España contra Inglaterra, con esto se inició la alianza con Napoleón. Este es el significado del tratado de San Ildefonso (1796). España pasó a ser auxiliar de Francia, lo que le obligó a entrar en la guerra al año siguiente. En Europa, los ingleses infligieron una severa derrota a la armada española en el cabo San Vicente (14 de febrero de 1797); en América ocuparon la isla de Trinidad, situada frente a la desembocadura del Orinoco y, por tanto, excelente base para el contrabando. La situación interna no era mejor. La élite ilustrada se sintió decepcionada, si no perseguida; el caso más significativo es el de Jovellanos , magistrado íntegro y respetado que, tras un breve paso por el ministerio, cayó en desgracia y fue desterrado a provincias. Las capas populares manifestaron una hostilidad implacable contra Godoy. El tribunal no podía ignorar el aumento y la violencia del descontento. Sacrificó a Godoy, que dejó el gobierno, pero me quedo con todos los honores y emolumentos acumulados en los últimos años.
Aunque oficialmente había sido destituido del poder, Godoy conservaba la confianza del rey, que no hacía nada sin consultarle. España en aquel momento daba la impresión de desempeñar el ignominioso papel de ayudar a la Francia de Napoleón, obsesionada con el deseo de destruir el poder de Inglaterra. España participó en la expedición que Francia planeó para intimidar a Portugal, aliado de Inglaterra. En aquella ocasión —la llamada guerra naranja (Febrero de 1801)—Godoy actuó como general en jefe del ejército español. Decidido a humillar a Inglaterra, Napoleón concibió dos planes:invadir su territorio y arruinar su comercio; Estos proyectos están en el origen de la intervención francesa en España. El gobierno español tuvo que poner su armada a disposición de Napoleón. Las escuadras francesa y española se encontraron en Cádiz; cuando intentaron salir del puerto, el almirante inglés Nelson los recibió en Trafalgar (octubre de 1805); En aquella ocasión, España perdió gran parte de aquella armada a la que tantos esfuerzos había dedicado desde tiempos del Marqués de Ensenada. Destruyó ambas armadas.
Godoy aceptó participar en una nueva expedición para obligar a Portugal a aplicar el bloqueo continental decretado por Napoleón contra los productos ingleses. Estaba aún más dispuesto a hacerlo cuando Napoleón le dio a entender que obtendría de ella alguna ventaja personal. En efecto, en octubre de 1807, el emperador francés declaró desposeída de sus derechos a la Casa de Braganza; Portugal iba a ser desmembrada y Godoy, Príncipe de los Algarves, obtendría la soberanía sobre la parte sur del territorio portugués. En aplicación del Tratado de Fontainebleau (22 de octubre de 1807), las tropas francesas comenzaron a cruzar España, rumbo a Portugal; otras tropas francesas parecían querer dirigirse hacia Andalucía. Godoy sospechó entonces que Napoleón pensaba ocupar toda España y aconsejó a Carlos IV que abandonara la capital y se dirigiera a Sevilla; desde allí, si la situación empeoraba, la familia real podría embarcarse hacia América, como acababa de hacer la familia real portuguesa.
Carlos IV siguió el consejo de Godoy, pero no pudo pasar de Aranjuez. En efecto, desde hacía meses, el descontento había aumentado contra Godoy, a quien culpaba de todas las desgracias de la nación y a quien le atribuía una excesiva ambición personal; en enero de 1807 había recibido nuevos honores:el título de Gran Almirante de España y de las Indias, título de alteza serena que lo asimilaba a un miembro de la familia real. Estos hechos empujaron a sus oponentes a agruparse en torno al príncipe heredero don Fernando; se trataba de ponerlo en el trono de España en lugar de su padre, Carlos IV. Una primera conjura fracasó en El Escorial (octubre de 1807). Pero la segunda tuvo más éxito, en Aranjuez, el 17 de marzo de 1808. Dos días después, Carlos IV tuvo que sacrificar a Godoy y quitarle todos sus títulos, pero la multitud no quedó satisfecha. Carlos IV no tuvo más remedio que abdicar en favor de su hijo el 19 de marzo. Fernando VII se dispuso a reinar, pero la presencia del ejército francés en España hizo que Napoleón se convirtiera en el árbitro de la crisis en la que estaba sumida la casa real española. Napoleón atrajo a Carlos IV y a su hijo a Bayona y obligó a ambas abdicaciones. De esta forma impuso a su hermano José I en el trono de España .
