- Redujo el número de jueces de la Corte Suprema de seis a cinco, eliminando así la mayoría federalista.
- Se eliminaron los juzgados de circuito y se transfirió su competencia a los juzgados de distrito.
- Creó seis nuevos jueces de circuito, todos los cuales fueron nombrados por Jefferson.
- Derogó la sección de la Ley del Poder Judicial de 1789 que había otorgado a la Corte Suprema el poder de revisar las decisiones de los tribunales estatales.
La Ley del Poder Judicial de 1801 redujo significativamente el poder de los tribunales federales y aumentó el poder del Presidente y el Congreso. También marcó el fin del Partido Federalista como fuerza política importante en los Estados Unidos.