Sin embargo, la relación de Carlomagno con el papado no siempre fue fluida. Con frecuencia intervino en las elecciones papales y, en ocasiones, no estaba de acuerdo con el Papa en cuestiones teológicas. En 800, fue coronado Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico por el Papa León III, lo que fortaleció aún más sus vínculos con el papado. Sin embargo, esto también provocó tensiones entre Carlomagno y el Imperio Bizantino, que se consideraba el verdadero heredero del Imperio Romano.
En general, la relación de Carlomagno con el papado fue de respeto mutuo y cooperación, pero también estuvo marcada por conflictos y tensiones ocasionales.