La operación, concebida como una acción militar limitada pero con grandes aspiraciones políticas —mantener la resistencia hasta que la situación internacional permitiera una solución más favorable para los intereses republicanos—, terminó desgastando gran parte de las unidades más combativas de Vicente Rojo. Tras la Conferencia de Múnich, desaparecieron las posibilidades de que potencias extranjeras mediaran una solución negociada al conflicto.
La campaña de Cataluña
En ese contexto, la invasión de Cataluña por el Ejército del Norte franquista, bajo el mando del general Dávila, se volvió inevitable. Este ejército, una masa de maniobra que se extendía desde los Pirineos hasta el delta del Ebro, se preparó para avanzar. El presidente del Gobierno, Juan Negrín, necesitaba urgentemente una acción de gran relevancia estratégica en el frente central antes de que terminara el año. El plan P, que pretendía dividir el territorio rebelde por Extremadura y que Rojo había defendido durante toda la guerra, resultó inviable. Se optó por planes más modestos pero ambiciosos en Motril, Brunete y Peñarroya, aunque los desacuerdos dentro del liderazgo militar republicano retrasaron su ejecución. El general Miaja temía desviar tropas del Ejército del Centro, que él guardaba celosamente para la defensa de Madrid, a pesar de que ese ejército había permanecido inactivo desde la primavera de 1937.
Estos retrasos permitieron a Franco lanzar libremente su ofensiva sobre Cataluña. El Ejército del Norte, con cerca de 275.000 hombres, atacó al Grupo de Ejércitos del Este (GERO) de Hernández Saravia, que contaba con aproximadamente 300.000 soldados pero sufría una grave inferioridad material. La noche anterior a Nochebuena de 1938, los cuerpos de ejército franquistas rompieron el frente: los de Urgel (Muñoz Grandes) y Maestrazgo (García Valiño) lo hicieron en Tremp, mientras que el de Navarra (Solchaga), junto al CTV italiano (Gambara), avanzó por Serós. El mando republicano intentó contrarrestar la ofensiva reactivando sus planes en el teatro central, aunque la acción en Motril quedó descartada. Así surgió la batalla de Peñarroya en enero, donde el Ejército de Extremadura (Escobar) obtuvo éxitos iniciales que pronto fueron anulados por la intervención de las tropas de Queipo de Llano. La ofensiva franquista continuó sin freno, tomando Tarragona el 15 de enero y Barcelona el 26.
Hacia el final de la guerra civil
En 1939 ya no tenía sentido esperar que la capital catalana se convirtiera en una segunda Madrid, ni por el estado del ejército ni por la situación en el retaguardia. En febrero cayeron Gerona y Figueras, y el 10 de ese mes se cerraron los pasos de los Pirineos en Portbou y La Jonquera. Aproximadamente 230.000 combatientes y 45.000 civiles cruzaron los Pirineos bajo el constante acoso de la aviación. El gobierno republicano había abandonado el país. Rojo se opuso a prolongar la guerra, pero Negrín regresó al territorio leal para sostener la resistencia hasta el final, apoyado por sectores vinculados al Partido Comunista. La célebre reunión en el aeródromo de Los Llanos el 16 de febrero evidenció la falta de apoyo del liderazgo militar, algo que se demostraría semanas después. Negrín buscó renovar la cúpula militar con oficiales afines, como los comandantes de milicia del Ejército del Ebro: Líster, Modesto, Tagüeña, entre otros.
El primer indicio de oposición a esas medidas fue el levantamiento en la base naval de Cartagena el 4 de marzo; aunque fue sofocado, estuvo a punto de desencadenar un desembarco a favor de las tropas franquistas en el corazón del territorio republicano. Esa misma noche, el 5 de marzo, Julián Besteiro proclamó desde Madrid la creación de un Consejo Nacional de Defensa y buscó iniciar negociaciones para lograr una paz honorable entre los militares. Para enfrentar a las unidades del Ejército del Centro alineadas con los comunistas, el nuevo consejo contó con el apoyo del cuerpo de ejército del anarquista Cipriano Mera, lo que desencadenó días sangrientos en la capital mientras la República se desintegraba. La “resistencia extrema” de Negrín resultó ser una ilusión; los intentos de paz negociada también fracasaron. Las conversaciones de Gamonal en marzo confirmaron que Franco solo aceptaría una rendición incondicional. El 25 de marzo declaró rotas las negociaciones y ordenó avanzar en todos los frentes, sin que el ejército republicano tuviera voluntad de oposición. La capitulación de la capital se formalizó el 28 de marzo entre los escombros del Hospital Clínico de la Universidad, símbolo de los primeros años de la guerra. Tres días después, el 1 de abril, se firmó el último acta de la guerra en Burgos, marcando el fin de la Guerra Civil española.