La evangelización y la educación colonial de los pueblos originarios presentaron matices particulares desde los primeros pasos de la conquista. Se debatía una doble cuestión: por un lado, los indígenas eran súbditos de la Corona de Castilla, lo que los hacía libres de esclavitud; por otro, había que definir la naturaleza de la relación entre conquistadores y nativos. La discusión inicial giró en torno a si los indios eran bárbaros o infieles susceptibles de esclavitud, o si, al ser paganos, debían ser evangelizados antes de cualquier otra medida. Cuando Cristóbal Colón constató la escasez de oro en el Caribe, intentó aplicar el modelo portugués de comercio de esclavos en África. Ante la posibilidad de grandes beneficios, la Corona aceptó, pero teólogos cercanos a los Reyes Católicos se opusieron, argumentando que, al ser paganos, los indígenas debían ser iniciados primero en la fe; solo tras rechazarla podrían considerarse infieles. Así, la reina Isabel declaró que los pueblos originarios eran libres y no sujetos a servidumbre.
La evangelización, liderada por la Iglesia española, impulsó la conversión masiva de los americanos al cristianismo. Sin embargo, la respuesta indígena varió según la región y los estímulos materiales y espirituales disponibles, lo que obligó a adaptar los ritmos y métodos de la misión. Los procesos fueron más rápidos en México y Perú y más lentos en áreas periféricas. Marco Palacios y Frank Safford señalan que los clericantes que arribaron a la costa atlántica de Colombia abandonaron pronto la zona, pues las comunidades locales eran pobres y no podían sostener a los doctrineros, quienes se trasladaron a regiones con mayor población indígena, como el Perú.
Educación colonial
Desde el principio, las ordenes religiosas jugaron un papel central en la indoctrinación de los indígenas, mostrando mayor predisposición a relacionarse con ellos que el clero secular. A finales del siglo XVI, entre 5.000 y 5.500 frailes habían llegado a América, entre ellos 300 mercedarios, 2.200 franciscanos, 1.670 dominicos, 470 agustinos y 350 jesuitas. Este exceso de religiosos generó conflictos entre órdenes, cada una con su propio método y lealtades, lo que llevó a ordenar la conquista espiritual por provincias a partir de 1563: todos los monasterios fundados en una provincia debían depender de la misma orden, sin impedir que las casas tradicionales mantuvieran grandes conventos en las ciudades principales.
La política educativa de la Corona fomentó la creación de escuelas para indios y mestizos, mientras que la enseñanza para niños españoles recibía poca atención. Instituciones como San Bernardo de Cusco fueron excepcionales. En la educación superior, el acceso a las universidades estaba prohibido a quienes no fueran españoles. La enseñanza para los indígenas se concentró en los colegios de las órdenes regulares. El primer colegio se fundó en 1513 por los franciscanos en Santo Domingo, junto a su convento. A mediados del siglo XVI, los franciscanos contaban con unas 200 escuelas en México y los dominicos unas 60 en Perú.
Algunos establecimientos se dedicaron a la educación de los hijos de los caciques, como la escuela de Santa Cruz de Tlatelolco (1536), que llegó a albergar mil alumnos y sirvió de modelo para Puebla, Bogotá, Quito y otras ciudades. El Colegio de San Juan de Letrán, creado en 1547, atendía a mestizos. También se impartieron oficios y artes en talleres escolares, como los fundados por los franciscanos en México y los hospitales‑talleres de Vasco de Quiroga.
En la educación superior, las órdenes religiosas, sobre todo jesuitas y dominicos, gestionaron la mayor parte de los estudios. Las universidades mayores o oficiales, fundadas en México y Lima en 1551, se diferenciaban de las menores o religiosas, vinculadas a colegios o conventos. Su creación requería autorización doble: papal y real. La primera universidad en el Nuevo Mundo se estableció en 1538 en Santo Domingo; durante el siglo XVI surgieron otras en Lima (Universidad Mayor de San Marcos), La Plata, La Paz y Quito. En el siglo XVII se fundó la Real y Pontificia Universidad de San Carlos en Guatemala, así como la Universidad Javeriana en Bogotá y otras en Quito, Cuzco, Chuquisaca y Córdoba.
