La evangelización y educación colonial de los indígenas tuvo sus matices porque desde el inicio de la conquista se planteó un doble problema ligado a la naturaleza del indígena. Por un lado eran súbditos de la Corona de Castilla , en cuyo caso no podrían ser esclavizados, o si no lo fueran, podrían convertirse en una mercancía. Por otra parte, había que definir la naturaleza de la relación entre los conquistadores y los nativos. La discusión inicial se centró en si los indios eran bárbaros o infieles que podían ser esclavizados, o si eran paganos que debían ser evangelizados. Cuando Colón se dio cuenta de que el oro no abundaba en las islas del Caribe, intentó desarrollar un método que había proporcionado importantes beneficios a los portugueses en África:la venta de esclavos. Ante las ganancias que se podían obtener, la Corona accedió al pedido del Almirante, pero algunos teólogos cercanos a los Reyes Católicos se opusieron, alegando que como los indios eran paganos, primero debían ser iniciados en la fe y sólo cuando la rechazaran explícitamente. ¿Podrían considerarse infieles? De esta manera, la reina Isabel declaró que los indígenas eran libres y no sujetos a servidumbre. .
La evangelización fue el proceso que, liderado por la Iglesia española , permitió la conversión masiva de los nativos americanos al cristianismo. Sin embargo, los indios no respondieron de la misma manera en todos los lugares, ni los estímulos materiales y espirituales fueron los mismos, por lo que los ritmos y características de la evangelización debieron adaptarse a los patrones regionales. Todos los indicios apuntan a que la cristianización de los indígenas fue más rápida en México y Perú y más lenta en algunas zonas periféricas. Marco Palacios y Frank Safford señalan que los clérigos que llegaron a la costa atlántica de Colombia no permanecieron allí por mucho tiempo, ya que las comunidades indígenas de la zona eran bastante pobres y no podían garantizar la buena vida de los doctrinaros. Los religiosos optaron por ir al Perú o a otras regiones donde la población india era más numerosa.
En los momentos iniciales de la conquista y colonización, las órdenes religiosas jugaron un papel central en el adoctrinamiento de los indígenas, estando más predispuestos a relacionarse con los indígenas que con el clero secular. En poco tiempo, la presencia de religiosos se consolidó en América y a finales del siglo XVI ya habían llegado a América entre 5.000 y 5.500 monjes, entre ellos 300 mercedarios, 2.200 franciscanos, 1.670 dominicos, 470 agustinos y 350 jesuitas. Esta superpoblación de frailes, con los consiguientes conflictos entre las órdenes, cada una con su particular método de adoctrinamiento y lealtades, hizo necesario ordenar territorialmente la conquista espiritual. De esta manera, a partir de 1563 se estableció que todos los nuevos monasterios que se construyeran en una provincia debían depender de un mismo orden, lo que no impedía que los tradicionales contaran con grandes e imponentes parroquias conventuales en las principales ciudades.
Educación Colonial
La política educativa colonial de la Corona promovió la creación de escuelas para indios y mestizos, mientras descuidaba la enseñanza de los niños españoles.
Colegios como San Bernardo de Cuzco fueron excepcionales. La situación era diferente en la educación superior, ya que se prohibía el acceso a las universidades a quienes no fueran españoles. La enseñanza para los indígenas se centró en las escuelas de las órdenes regulares. El primer colegio fue fundado por los franciscanos en Santo Domingo en 1513, al lado de su convento. A mediados del siglo XVI los franciscanos tenían unas 200 escuelas en México y los dominicos unas 60 en el Perú. Algunos establecimientos se enfocaron en la educación de los hijos de los caciques. Este fue el caso del colegio de Santa Cruz de Tlatelolco, fundado en 1536, que llegó a tener hasta mil alumnos y sirvió de modelo en Puebla, Bogotá, Quito o Lía. El Colegio de San Juan de Letrán, creado en 1547, era para mestizos. Muchas enseñanzas de artes y oficios, como la fundada por los franciscanos en México. También se vieron escuelas-taller en los hospitales del pueblo de Vasco de Quiroga. Una parte de la educación superior estaba a cargo de órdenes religiosas, especialmente jesuitas y dominicos. En este sentido, se diferenciaban las universidades mayores u oficiales fundadas en México y Lima en 1551 de las menores o religiosas, vinculadas a algún colegio o convento. La creación de estas universidades requirió una doble autorización:papal y real.
El primero se creó en 1538 en Santo Domingo y a lo largo del siglo XVI surgieron otros en Lima (Universidad Mayor de San Marcos), La Plata, La Paz y Quito. En el siglo XVII se fundó la Real y Pontificia Universidad de San Carlos en Guatemala, y se crearon dos en Quito y Bogotá, incluida la Javeriana, junto con otras en Cuzco, Chuquisaca y Córdoba.
