La actividad del Sacramento del Santo Oficio en América fue mucho menor que la de su modelo metropolitano. Esto se debió, entre otras cosas, a la prohibición de que moros, judíos o herejes viajaran a las Indias, y al retrasado establecimiento de sus tribunales, lo que se vio acentuado por su escasa presencia en los dos virreinatos principales.
En 1568 se decidió crear los tribunales de la Inquisición en el Nuevo Mundo. Los primeros se fundaron en Lima (1570) y en la Ciudad de México (1571), aunque la institución ya tenía presencia en América desde principios del siglo XVI. En 1610 se abrió un tercer tribunal en Cartagena de Indias, lo que impulsó notablemente el desarrollo de esa ciudad.
Ante conductas de algunos sacerdotes y monjes que se alejaban de la ortodoxia —sobre todo en su relación con mujeres indígenas— se establecieron mecanismos de control interno. La vigilancia del clero correspondía a la Inquisición; la relajación de la disciplina clerical generó denuncias de las altas autoridades coloniales, que utilizaban el Patronato para reforzar la autoridad. Desde 1517, a todos los obispos americanos se les conferían poderes inquisitoriales. En 1519 se nombraron comisionados de la Inquisición para varias jurisdicciones del continente.
Actividad de la Inquisición en América
Debido a sus características particulares, la Inquisición americana tuvo una actividad mucho más limitada que la de la península. Tanto el número como la gravedad de las sentencias fueron menores. En Lima, durante los dos siglos y medio de existencia del Santo Oficio, sólo se dictaron 30 condenas a muerte.
El problema indígena no formó parte directa del ámbito de la Inquisición, que se enfocó principalmente en impedir la corrupción del catolicismo entre los europeos. Sin embargo, en algunos casos los tribunales examinaron denuncias contra indígenas, a pesar de la prohibición teórica de juzgarlos. La misión principal era combatir a los judaizantes, protestantes y a quienes se sospechaba de brujería.
En Brasil nunca funcionaron tribunales locales de la Inquisición; en situaciones muy específicas se solicitó la intervención de los tribunales de Lisboa.
