La actividad del Santo Oficio era inferior a su modelo metropolitano, en parte por la prohibición de que moros, judíos o herejes fueran a las Indias, y también por la tardía creación de sus cortes, algo reforzado por su menor presencia en los dos virreinatos. En 1568 se decidió crear los tribunales de la Inquisición, inicialmente sólo establecidos en Lima (1570) y México (1571), aunque la institución estaba presente en América desde principios del siglo XVI. En 1610 se crea una tercera corte en Cartagena de Indias , lo que contribuyó al desarrollo de la ciudad. Ante el comportamiento alejado de la ortodoxia de algunos sacerdotes y monjes, especialmente en el trato con las mujeres indígenas, se establecieron mecanismos de control interno, ya que la vigilancia de los eclesiásticos correspondía a la Inquisición, de esta manera, se relajaba al clero. motivó algunas acusaciones en su contra por parte de las altas autoridades coloniales en uso del Patronato y propició la dotación, desde 1517, de todos los obispos americanos de poderes inquisitoriales. . En 1519 se nombraron comisionados de la Inquisición para algunos territorios americanos.
Actividad en América de la Santa Inquisición
Dadas las peculiares características de la Inquisición americana , su actividad fue inferior a la que se produjo en la Península. Tanto en número como en calidad de las penas, las penas no eran comparables a las aplicadas en España. En Lima, en los dos siglos y medio de existencia del Santo Oficio, sólo 30 sentencias de muerte fueron transmitidos. , aunque el problema indígena no entró en su órbita directa de influencia y en general fue abordado desde otra perspectiva, aun cuando los tribunales de la Inquisición examinaron algunos casos contra los aborígenes a pesar de la teórica prohibición de tratar con ellos. Su misión era prevenir la corrupción del catolicismo entre los europeos , para lo cual fue necesario combatir a los judaizantes, a los protestantes y a los sospechosos de brujería. En Brasil nunca funcionaron tribunales propios y sólo en situaciones muy específicas se solicitaron tribunales de Lisboa.
