En algunos casos, los puritanos y los nativos americanos pudieron vivir en paz e incluso cooperar entre sí. Por ejemplo, la tribu Wampanoag ayudó a los peregrinos a sobrevivir su primer invierno en América, y los puritanos y la tribu Pequot firmaron un tratado de paz en 1638 que duró varias décadas. Sin embargo, estos períodos de paz fueron a menudo de corta duración y el conflicto entre los puritanos y los nativos americanos era una amenaza constante.
Uno de los conflictos más importantes entre los puritanos y los nativos americanos fue la Guerra Pequot, que tuvo lugar en 1637. La guerra comenzó cuando la tribu Pequot atacó a un grupo de colonos ingleses en Connecticut. Los puritanos respondieron con una campaña militar que resultó en la casi aniquilación de la tribu Pequot. Esta guerra marcó un patrón de violencia y conflicto que continuaría durante muchos años.
En el siglo XVII, los puritanos establecieron una serie de misiones entre los nativos americanos en un esfuerzo por convertirlos al cristianismo. Estas misiones a menudo fracasaron y en ocasiones provocaron conflictos y violencia. En el siglo XVIII, los puritanos comenzaron a adoptar un enfoque más conciliador hacia los nativos americanos y comenzaron a reconocer sus derechos a la tierra y al autogobierno. Sin embargo, este cambio de política no fue fácil y, a menudo, muchos puritanos se resistieron a él y todavía tenían prejuicios profundamente arraigados contra los nativos americanos.
La relación entre los puritanos y los nativos americanos era compleja y en evolución. Fue una relación marcada por el conflicto y la violencia, pero también fue una relación caracterizada por la cooperación y el respeto mutuo. Los puritanos y los nativos americanos aprendieron mucho unos de otros y ambos dejaron un legado duradero en la historia de Estados Unidos.