La Wilmot Proviso reavivó el debate sobre la expansión de la esclavitud a nuevos territorios. El proyecto de ley fue aprobado por la Cámara de Representantes pero no logró ser aprobado por el Senado, donde los senadores del Sur se opusieron a la enmienda. La cuestión de la esclavitud en los territorios continuaría dividiendo al país y jugaría un papel importante en el estallido de la Guerra Civil en 1861.
La intención de la Wilmot Proviso era impedir la expansión de la esclavitud a nuevos territorios adquiridos por Estados Unidos. Aunque la enmienda no fue aprobada, el debate sobre la esclavitud en los territorios continuó y jugó un papel importante en el estallido de la Guerra Civil.